Number of the records: 1  

Kvantově chemické vypočty termodynamických charakteristik tvorby dimeru methylovaných páru basí nukleových kyselin v plynné fázi

  1. Title statementKvantově chemické vypočty termodynamických charakteristik tvorby dimeru methylovaných páru basí nukleových kyselin v plynné fázi [rukopis] / Adam Pecina
    Additional Variant TitlesKvantově chemické vypočty termodynamických charakteristik tvorby dimerů methylovaných párů basí nukleových kyselin v plynné fázi
    Personal name Pecina, Adam (dissertant)
    Translated titleQuantum chemical investigation of thermodynamic characteristics of formation of methylated DNA basis in vacuo
    Issue data2009
    Phys.des.52 s. (60591 znaků) : grafy, tab. + CD ROM
    NoteVed. práce Pavel Hobza
    Another responsib. Hobza, Pavel, 1946- (thesis advisor)
    Jurečka, Petr (opponent)
    Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor)
    Keywords kvantová chemie * 1-methyluracil dimer * termodynamické charakteristiky * methylated uracil dimer * High-level wave function and Density functional theory calculations * thermodynamical analyze
    Form, Genre diplomové práce master's theses
    UDC (043)378.2
    CountryČesko
    Languagečeština
    Document kindPUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitleMgr.
    Degree programNavazující
    Degree programChemie
    Degreee disciplineBiofyzikální chemie
    book

    book

    Kvalifikační práceDownloadedSizedatum zpřístupnění
    94465-784453700.pdf01.2 MB31.12.2999

    Práce se zabývá srovnáním vysoce přesných kvantově mechanických výpočtů interakčních energií třinácti různých konformací systému 1-methyluracil dimeru, jakožto reprezentativního systému párů basí nukleových kyselin. Termodynamická analýza charakterizuje vzájemnou souhru enthalpie a entropie na vytváření preferovaných konformací systému.Theoretical analysis of the formation of 1-methyluracil dimer was performed. Stabilization energies of 13 different conformations were evaluated at a very high ab initio level by complete basis set limit calculations. In this work we compare accurate interaction energies estimated at CCSD(T)/CBS level with Density functional theory calculations DFT-D/BLYP/TZVP, DFTD/tpss/LP and with calculations of semiempirical methods SCC-DFTB and PM6-DH. All interaction energies were corrected for basis set superposition error (BSSE) with use of counterpoise correction. The thermodynamic characteristics were calculated using rigid rotor-harmonic oscillator-ideal gas approximations. Interaction enthalpie at 0 K were observed by including the zero point energies. Gibbs energies at various temperatures were calculated to include entropy influence. The present calculations allow us to make more general conclusions concerning the interplay of enthalpy and entropy in stabilizing DNA base pairs in vacuo.

Number of the records: 1  

  This site uses cookies to make them easier to browse. Learn more about how we use cookies.