Diplomová práce reviduje vztahy většiny druhů rodu Alburnoides a poskytuje molekulární pohled do populační struktury druhu A. bipunctatus. Byly provedeny fylogenetické analýzy markerů z mitochondriálního i jaderného genomu - cytochrom b a RAG-1. Sesbírané vzorky pocházejí z různých lokalit osmi úmoří - Severního, Baltského, Černého, Kaspického, Egejského, Jónského, Středozemního a Jaderského moře. V rámci druhu A. bipunctatus bylo nalezeno 35 haplotypů a 6 nukleotypů. Pro ochranářské účely v ČR nebyl prokázán specifický haplotyp typický pro některé ze tří uvedených úmoří. Během vývoje genomové knihovny bylo objeveno 50 mikrosatelitových lokusů s dinukleotidovými a 79 lokusů s tetranukleotidovými motivy, které tvoří nadějný základ k nalezení vhodných kodominantních markerů pro budoucí populační studie.Diploma thesis revises relationships among the most of the species of genus Alburnoides and offers a view into the population structure of the species A. bipunctatus. Phylogenetic analyses of mitochondrial marker - cytochrome b, and nuclear marker - RAG-1 were made. Samples were collected from different habitat of the eight sea-drainage areas - North, Baltic, Black, Kaspian, Aegean, Ionian, Mediterranean and Adriatic Sea. Thirty five haplotypes and six nucleotypes were found within species A. bipunctatus. During ongoing development of genomic library, were detected 50 microsatellite loci with dinucleotide and 79 loci with tetranucleotide motives which are promising candidates for codominant markers in future population studies.