Jen málo vědeckých prací se dosud zabývalo endogenní distribucí auxinů a jejich prekurzorů nebo metabolitů v rámci jednotlivých buněčných organel. V tuto chvíli komplexní obraz auxinového metabolomu a jeho regulace na subbuněčné úrovni zcela chybí. Tato diplomová práce se zabývá stanovením metabolických profilů nativního rostlinného hormonu auxinu, indol-3-yloctové kyseliny (IAA), na subbuněčné úrovni, a to konkrétně v buněčném jádře. Pro tyto účely bylo potřeba vybrat, otestovat a následně optimalizovat jednotlivé vhodné a již dříve publikované izolační protokoly za účelem získání jaderné frakce v optimálním množství a čistotě, a srovnat dva základní metodické přístupy izolace (tzn. biochemickou cestu a "fluorescent-assisted organelle sorting" (FAOS)). Rostlinným experimentálním modelem byly buněčné suspenze Arabidopsis thaliana L. (ekotyp Landsberg erecta) tabáku Nicotiana tabacum L. (kultivar Bright Yellow, BY-2). Jako nejvhodnější optimalizovaná metoda pro izolaci buněčných jader se ve finále ukázala být kombinace protoplastování, lyze protoplastů se současným uvolněním jader a FAOS. V buněčných jádrech obou modelových organismů se pak pomocí kapalinová chromatografie sdružené s tandemovou hmotnostní spektrometrií (LC-MS/MS) podařilo stanovit celkové auxinové metabolické profily, kdy byly v největším zastoupení detekovány Trp, ANT, IPyA a IAA a dále další prekurzory a konjugáty IAA.So far, only a few works have dealt with the endogenous distribution of auxins and their precursors or metabolites within the individual cell organelles. In the moment, the overall picture of auxin metabolome and its regulation at the subcellular level is still missing. This thesis deals with the determination of metabolic profiles of the native plant hormone auxin, indole-3-acetic acid (IAA) at the subcellular level, specifically in nuclei. For these purposes it was necessary to choose, test and optimalize individual appropriate and previously published isolation protocols in order to obtain the nuclear fraction in the optimal amount and purity, and to compare two basic isolation approaches (i.e. biochemical way and fluorescent-assisted organelle sorting (FAOS). As a plant and experimental models cell suspensions of Arabidopsis thaliana L. (ecotype Landsberg erecta) and tobacco Nicotiana tabacum L. (cultivar Bright Yellow, BY-2) were used. Finnaly, as the most suitable optimized method for nuclei isolation was shown combination of protoplasting, lysis of protoplasts with release of nuclei and FAOS. In the cell nuclei of both model organisms, the total auxin metabolic profiles were determined by tandem mass spectrometry (LC-MS / MS), where Trp, ANT, IPyA and IAA were the most abundant and also other IAA precursors and conjugates were detected.