Number of the records: 1
Stability of intermediate conformations between A- and B-DNA form in protein-DNA complexes
Title statement Stability of intermediate conformations between A- and B-DNA form in protein-DNA complexes [rukopis] / Jan Salomon Additional Variant Titles Stabilita přechodných konformací mezi A- a B-DNA formou v komplexech proteinů s DNA Personal name Salomon, Jan, (dissertant) Translated title Stability of intermediate conformations between A- and B-DNA form in protein-DNA complexes Issue data 2022 Phys.des. 50 s. (69500 znaků) : il., grafy, tab. Note Ved. práce Petr Jurečka Oponent Karel Berka Another responsib. Jurečka, Petr (thesis advisor) Berka, Karel, 1982- (opponent) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor) Keywords DNA * molekulově dynamické simulace * silové pole * pucker * glykosidický úhel * DNA * molecular dynamic simulation * force field * pucker * glycosidic angle Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses UDC (043)378.22 Country Česko Language angličtina Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Bc. Degree program Bakalářský Degree program Chemie Degreee discipline Aplikovaná chemie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00279103-668687766.pdf 6 5.4 MB 29.04.2022 Posudek Typ posudku 00279103-ved-420606776.pdf Posudek vedoucího 00279103-opon-612221919.pdf Posudek oponenta
Molekulově dynamické simulace se používají k pochopení mechanismů funkce DNA a jejích interakcí. Jedním z důležitých mechanismů rozpoznávání DNA je přechod mezi konformacemi A a B. Aby bylo možné získat spolehlivé informace, musí být tato rovnováha popsána co nejpřesněji. Současná silová pole AMBER vykazují problémy se stabilizací A-formy a přechodných konformací. Analýza v této práci zkoumá stabilitu přechodných konformací a pokouší se najít příčiny těchto nedostatků ve dvou současných silových polích, OL15 a BSC1. K dosažení tohoto cíle byly v obou silových polích simulovány tři komplexy proteinu s DNA.Molecular dynamic simulations are used to understand the mechanisms of DNA function and its interactions. One important mechanism of DNA recognition is the transition between the A and B conformations. To produce reliable information, this equilibrium must be described precisely. Current AMBER force fields struggle to stabilize the A-form and the intermediate conformations. The analysis in this work investigates the stability of the intermediate conformation and attempts to find the causes of these shortcomings in two current force fields, OL15 and BSC1. To achieve this goal, three protein-DNA complexes were simulated in both force fields.
Number of the records: 1