Number of the records: 1
Studium a chování tetranukleotidů v různých silových polích
Title statement Studium a chování tetranukleotidů v různých silových polích [rukopis] / Lenka Mikulajová Additional Variant Titles Studium a chování tetranukleotidů v různých silových polích Personal name Mikulajová, Lenka, (dissertant) Translated title Study of conformational behaviour of tetranucleotides using different force fields Issue data 2018 Phys.des. 44 Note Oponent Marie Zgarbová Ved. práce Petra Kührová Another responsib. Zgarbová, Marie (opponent) Kührová, Petra (thesis advisor) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor) Keywords Nukleové kyseliny * RNA * tetranukleotidy * molekulární dynamika * silové pole * Nucleic acids * RNA * tetranucleotides * molecular dynamics * force field Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses UDC (043)378.22 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Bc. Degree program Bakalářský Degree program Chemie Degreee discipline Aplikovaná chemie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00225391-752352506.pdf 80 3.2 MB 02.05.2018 Posudek Typ posudku 00225391-ved-770236112.pdf Posudek vedoucího 00225391-opon-619048899.pdf Posudek oponenta
Tato práce je zaměřena na studium chování r(GACC) tetranukleotidu, za pomoci molekulové dynamiky. Experimentální NMR data ukazují, že tento tetranukleotid zaujímá tzv. A-formu, avšak MD simulace za použití, v současné době nejpoužívanějšího silového pole 99bsc0OL3, vytváří interkalované struktury, které v experimentu nejsou pozorovány. Cílem této práce bylo zamezení vzniku interkalovaných struktur. Jako forma úpravy zde bylo zvoleno oslabení vodíkových vazeb přítomných v interkalovaných strukturách. Navíc také studium vlivu použitého solventu.This bachelor thesis is focused on behaviour of r(GACC) tetranucleotide using molecular dynamics. According the NMR data, this tetranucleotide adopts mostly A-form conformation. However, the MD simulations using popular 99bsc0OL3 force field populate non native intercalated structures. The aim of this bachelor thesis was to prevent formation of these intercalated structures using additional locally acting potential to weaken selected hydrogen bonds. In additon, the influence of used solvent was also examined.
Number of the records: 1