Cílem práce je porovnat vertikální distribuci mikroorganismů u tří typů sedimentů.Posoudit, zda existuje rozdíl mezi mikrobiální abundancí a množstvím biomasy v hloubkovém profilu a mezi různými typy sediment. Dále byla provedena analýza druhové bohatosti v doméně Eubacteria. Vzorky písku, bahna a ústřicových lavic byly odebrány z intertidálních sedimentů ostrova Sylt, který je součástí Watového moře. Odběr probíhal od ledna do února roku 2015 a zpracování vzorků od října 2015 do prosince roku 2016. Sledovány byly tyto parametry: i) celková mikrobiální abundance ve vertikálním profilu a mezi stanovišti, ii) mikrobiální biomasa ve vertikálním profilu a mezi stanovišti, iii)druhová bohatost domény Eubacteria ve vertikálním profilu a mezi stanovišti. Všechny zkoumané sedimenty vykazují trendy celkové mikrobiální abundance a biomasy ve vertikálním profilu s výjimkou písku. Nejvhodnější sediment pro růst mikroorganismů jsou ústřicové lavice, které poskytují nejlepší kombinaci potřebných faktorů.The aim of this work is to compare vertical microorganism distribution in three types of sediment. To describe if there is any difference between microbial abundance and the volume of biomass in the depth profile and between various types of sediment.Furthermore, the analysis of species variety of Eubacteria domain was performed. Samples of sand, mud and oyster beds where taken from intertidal sediments of Sylt island which is part of the Wadden Sea. The sampling was done from January to February 2015 and sample analysis from October 2015 to December 2016.These parameters were screened: i) total microbial abundance in vertical profile and between habitats, ii) microbial biomass in vertical profile and between habitats, iii)species variability in Eubacteria domain in vertical profile and between habitats. All studied sediments showing trends of total microbial abundance and biomass invertical profile except sand. The most suitable sediment for microbial growth are oyster beds which shows best factor combination.