Number of the records: 1
Fyzické mapování, sekvenování a funkční analýza chromozomálního ramene 3DS pšenice
Title statement Fyzické mapování, sekvenování a funkční analýza chromozomálního ramene 3DS pšenice [rukopis] / Kateřina Holušová Additional Variant Titles Fyzické mapování, sekvenování a funkční analýza chromozomálního ramene 3DS pšenice Personal name Cviková, Kateřina (dissertant) Translated title Physical mapping, sequencing and functional analysis of chromosome arm 3DS in wheat Issue data 2017 Phys.des. 78 Note Ved. práce Jaroslav Doležel Ved. práce Jan Bartoš Another responsib. Doležel, Jaroslav, 1954- (thesis advisor) Bartoš, Jan (školitel) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra botaniky (degree grantor) Keywords pšenice setá * fyzická mapa * sekvenování * bread wheat * physical map * sequencing Form, Genre disertace dissertations UDC (043.3) Country Česko Language angličtina Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Ph.D. Degree program Doktorský Degree program Biologie Degreee discipline Botanika book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00196334-837326372.pdf 126 11.3 MB 13.04.2017 Posudek Typ posudku 00196334-ved-184041728.pdf Posudek vedoucího 00196334-opon-603594278.pdf Posudek oponenta Průběh obhajoby datum zadání datum odevzdání datum obhajoby přidělená hodnocení typ hodnocení 00196334-prubeh-222917104.pdf 01.09.2009 13.04.2017 21.06.2017 S 2 Call number Barcode Location Sublocation Info DIS/181 (PřF-KBO) 3134520290 PřF-Holice PřF, Knihovna Holice - sklad In-Library Use Only
Pšenice setá je pro lidstvo jednou z nejdůležitějších zemědělských plodin. Znalost jejího genomu by měla urychlit šlechtění nových odrůd a zvýšit tak její výnos, na který jsou zvyšující se požadavky. Cílem této práce je získání sekvence krátkého ramene pšeničného chromosomu 3D (3DS). Chromosomální rameno separováno pomocí průtokové cytometrie a jeho DNA byla použita pro přípravu knihovny dlouhých insertů a následně fyzické mapy. Kontigy fyzické mapy byly uspořádany podél chromosomu pomocí dvou genetických map a virtuálního pořadí genů získaného porovnáním s příbuznými druhy. Všechny klony z MTP (minimální sestavy klonů reprezentující fyzickou mapu) byly sekvenovány a sekvence pak byly poskladány do superkontigů. Celková délka sekvence z 3093 klonů pokrývá chromosomální rameno 1,1x. Získáné informace budou použity pro lokalizaci genů a jejich analýzu, studium evoluce genomu a funkce "nekodujích" oblastí DNA. Celá strategie může sloužit jako manuál pro sekvenování genomu další druhů.The bread wheat is one of the most important crops. The knowledge of its genome could accelerate breeding and increase yield to meet rising food demands. The goal of this thesis is to produce a genome sequence of wheat chromosome arm 3DS. The DNA from flow-sorted chromosome 3DS was used to create a BAC library. BAC clone fingerprinting method and FingerPrinted Contig program were utizilized for building of the physical map. Physical contigs were sorted along two genetic maps and ordered set of genes from related species using a new, sequencing-based pooling strategy. All clones from minimal tiling path (MTP) were sequenced and data were assembled to scaffolds. Total sequence length from 3,093 well sequenced MTP clones covers the chromosome arm 1.1 times. The obtained information will be used for gene localization and its analysis, study of genome evolution and function of not-coding regions. The sequence strategy could serve as a manual for other species.
Number of the records: 1