Number of the records: 1
Multidimensional statistical methods for analysis of human metabolome
Title statement Multidimensional statistical methods for analysis of human metabolome [rukopis] / Alžběta Gardlo Additional Variant Titles Vícerozměrné statistické metody pro analýzu lidského metabolomu Personal name Kalivodová, Alžběta (dissertant) Translated title Multidimensional statistical methods for analysis of human metabolome Issue data 2016 Phys.des. 130 s. : grafy, schémata, tab. Note Ved. práce Tomáš Adam Another responsib. Adam, Tomáš (consultant) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra matematické analýzy a aplikací matematiky (degree grantor) Keywords kompoziční data * metabolomika * metoda částečných nejmenších čtverců * mnohorozměrná statistická analýza * praktická aplikace * nahrazování nul * compositional data * metabolomics * partial least squares regression * multivariate statistical analysis * practical application * imputation of zeros Form, Genre disertace dissertations UDC (043.3) Country Česko Language angličtina Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Ph.D. Degree program Doktorský Degree program Aplikovaná matematika Degreee discipline Aplikovaná matematika book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00186165-323214912.pdf 30 6.9 MB 01.08.2016 Posudek Typ posudku 00186165-ved-327396168.pdf Posudek vedoucího 00186165-opon-649026446.pdf Posudek oponenta Průběh obhajoby datum zadání datum odevzdání datum obhajoby přidělená hodnocení typ hodnocení 00186165-prubeh-731199221.pdf 15.07.2013 01.08.2016 20.09.2016 S 2
Metabolomika je poměrně novým oborem biochemie zabývající se studiem metabolitů, jejich dynamickými změnami, interakcemi a odpověďmi na podněty. Vzhledem k relativnímu charakteru metabolomických dat na ně může být pohlíženo jako na tzv. kompoziční data. Vektory takovýchto dat mají kladné složky; navíc nás nezajímají jejich absolutní hodnoty, ale podíly mezi nimi. Abychom mohli pracovat s kompozičními daty v klasickém euklidovském prostoru, musíme použít specifické souřadnicové systémy. Dále musíme při analýze metabolomických dat brát v úvahu materiál, který je použit pro měření, a v neposlední řadě i to, že máme k dispozici typicky řádově méně pozorování než proměnných, tedy hovoříme o tzv. vysoce-dimenzionálních datech. Pro analýzu takového souboru musí být použity speciální statistické metody. První částí statistické analýzy je předzpracování dat související s vyjádřením metabolomických (kompozičních) dat v tzv. logratio souřadnicích. V metabolomice také používáme tzv. kontroly kvality, které nám pomáhají v odstraňování chyb měření. Dalším problémem jsou nulové hodnoty. Většina v současnosti používaných statistických metod pro kompoziční data neumí pracovat s nulovými hodnotami, proto je musíme umět vhodně nahradit. Vlastní statistická analýza může být provedena pomocí celé řady postupů. První, nejpopulárnější, je metoda hlavních komponent. Ta je východiskem pro metodu částečných nejmenších čtverců či její ortogonální podobu. Pokud pracujeme s trojrozměrnými datovými tabulkami, můžeme analýzu provést také pomocí metody PARAFAC. Důležitou součástí této práce jsou také praktické příklady na reálných datových souborech z Laboratoře metabolomiky Univerzity Palackého Olomouc.The metabolomics is a quite new field of biochemistry which aims at studying metabolites, their dynamic changes, interactions and responses to stimuli. Because of relative character of metabolomic data, they can be considered as so called compositional data. They are characterized by positive entries, moreover, not their absolute values but ratios between them are of primary interest. In order to analyze statistically compositional data in standard Euclidean space, specific coordinate systems must be used. Furthermore, for the analysis of metabolomic data also the biochemical material must be considered, and finally, also the fact that substantially less observations than variables are available; we refer to so called high-dimensional compositional data. For statistical analysis of such data set, special statistical procedures must be applied. Prior to the statistical analysis itself, preprocessing of compositional data must be carried out, needed for further representation of logratio coordinates (quality control, zero values of compositional parts). So the statistical analysis itself can be performed using a wide range of proper methods. The most popular one is principal component analysis that can be accompanied by partial least squares method and its orthogonal modification. For the analysis of three-way metabolomic data, PARAFAC is recently preferred choice in chemometrics. Methodological outputs are demonstrated on real data from the Laboratory of Metabolomics, Palacký University Olomouc.
Number of the records: 1