Předkládaná diplomová práce se zabývá právním režimem ochrany biologické rozmanitosti a zaměřuje se zejména na ochranu ptactva, jak na mezinárodní, unijní tak i vnitrostátní úrovni. Úvod práce se zaměřuje na ochranu biodiverzity a ochranu ptactva na mezinárodní úrovni a jsou zde uvedeny relevantní úmluvy, které byly uzavřeny v této oblasti na mezinárodním poli. Dále je v práci charakterizována právní ochrana ptactva na úrovni Evropské Unie a je vymezen právní režim soustavy Natura 2000, a také směrnice, jež tvoří základ pro její vybudování, tedy Směrnice o ptácích a Směrnice o stanovištích. V práci je také popsán proces vyhlašování ptačích oblastí a evropsky významných lokalit, které jsou vyhlašovány na základě výše uvedených směrnic. Závěr práce se zaměřuje na proces implementace unijní legislativy v oblasti ochrany ptactva, přičemž jsou zde vymezeny jednotlivé fáze implementace, také relevantní judikatura Soudního dvora EU a následně je charakterizován proces implementace unijních právních předpisů pro vytvoření soustavy Natura 2000 do národních legislativ v České republice a na Slovensku.This diploma thesis deal with legal regime of protection of biodiversity and is especially focused on protection of birds, on international, EU and national level. Introduction of thesis is focused on protection of biodiversity and protection of birds on international level and also all relevant convention in this area are here described. Further is characterized legal protection of birds on EU level and legal regime of Natura 2000, and also directives, that create the keystone for its building, thus Birds directive and Habitats directive. In this thesis is also described process of announcements of Special protection areas and Sites of Community importance, that are announced on the base of both above mentioned directives. The end of this thesis is focused on process of implementation EU legislation in the sphere of protection of birds, also on individual phases of implementation, and also relevant jurisprudence of the Court of justice of the European union. Further is characterized the process of implementation EU law for creation Natura 2000 into the national legislation of Czech republic and Slovak republic.