Cílem této práce je vytvoření programu, který usnadní a částečně automatizuje proces anotace nepopsaných proteinů z ječmene setého (Hordeum vulgare) identifikovaných na základě analýzy štěpných peptidů technikou tandemové hmotnostní spektrometrie spojené s kapalinovou chromatografií. Hlavní důraz při anotaci bude kladen možnosti vyhledání a zhodnocení informací, zda se neznámé proteiny vyskytují v buněčném jádře. Proces anotace bude založen na použití bioinformatického nástroje pBLAST (protein Basic Local Alignment Search Tool) k nalezení podobných, již popsaných proteinů v databázi Swiss-Prot. Souběžně s tím budou proteinové sekvence analyzovány pomocí nástrojů sloužících k predikci lokalizace (CELLO2GO, LOCALIZER, NucPred a WegoLoc) a k výpočtu základních fyzikálních vlastností proteinů (Protein Cutter).The goal of this thesis is to design and develop a program that could automate the proces of annotation of unknown proteins obtained by LC-MS/MS analysis from common barley (Hordeum vulgare). The main focus during the annotation proces shall be to dertermine if the proteins are expected to be localized within the nucleus. The annotation process will be based upon the use of pBLAST tool for finding homologous proteins inside the Swiss-Prot database. The proteins will be simultaneously analyzed by localization prediction tools CELLO2GO, LOCALIZER, WegoLoc and NucPred and by a physical attributes calculation tool Protein Cutter.