Number of the records: 1  

Příprava zhrubeného modelu cytochromu P450 3A4

  1. Title statementPříprava zhrubeného modelu cytochromu P450 3A4 [rukopis] / Zuzana Koukalová
    Additional Variant TitlesPříprava zhrubeného modelu cytochromu P450 3A4
    Personal name Koukalová, Zuzana, (dissertant)
    Translated titlePreparation of coarse-grained model of cytochrome P450 3A4
    Issue data2018
    Phys.des.38 s. : il., grafy, schémata, tab. + CD ROM
    NoteOponent Veronika Navrátilová
    Ved. práce Martin Šrejber
    Another responsib. Navrátilová, Veronika (opponent)
    Šrejber, Martin (thesis advisor)
    Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor)
    Keywords Cytochrom P450 * molekulová dynamika * zhrubený model * Cytochrome P450 * Molecular dynamics * Coarse-grain models
    Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses
    UDC (043)378.22
    CountryČesko
    Languagečeština
    Document kindPUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitleBc.
    Degree programBakalářský
    Degree programChemie
    Degreee disciplineAplikovaná chemie
    book

    book

    Kvalifikační práceDownloadedSizedatum zpřístupnění
    00230357-604168142.pdf72.6 MB20.08.2018
    PosudekTyp posudku
    00230357-ved-615975399.pdfPosudek vedoucího
    00230357-opon-411382679.pdfPosudek oponenta

    V této práci byly připraveny zhrubené modely systému cytochromu P450 3A4 na různých membránách složených z lipidů DOPC, DOPE a DOPG. Prostřednictvím molekulárně dynamických simulací za použití silového pole Martini byly nejdříve analyzovány strukturní parametry samotných membrán např. plocha, kterou zaujímá jeden lipid, tloušťka membrány či stupeň uspořádanosti lipidů. Poté bylo studováno chování na membráně kotveného cytochromu P450 3A4. Výsledky zhrubených simulací byly následně porovnány s atomistickými simulacemi a experimentálně dostupnými daty. Shoda zhrubených modelů s atomistickými simulacemi a experimenty potvrzuje vhodnost použití těchto modelů ke studiu biologických systémů.In this study we prepared coarse-grain models of membrane-bound cytochrome P450 3A4 on membrane of different lipid composition, such as DOPC, DOPE and DOPG. Using molecular dynamics techniques and Martini lipid force field we analyzed structural parameters of membranes such as area per lipid, bilayer thickness and order parameters. Then, behaviour of membrane attached cytochrome P450 was studied. Results obtained from coarse-grain simulations were compared to all-atom models and experimental data. The correlation between coarse-grain models, atomistic simulations and experiments proved that this approach is valid tool to study biological systems.

Number of the records: 1  

  This site uses cookies to make them easier to browse. Learn more about how we use cookies.