Number of the records: 1
Molekulové modelování UDP-glukuronosyltransferáz
Title statement Molekulové modelování UDP-glukuronosyltransferáz [rukopis] / Štěpán Helmer Additional Variant Titles Molekulové modelování UDP-glukuronosyltransferáz Personal name Helmer, Štěpán (dissertant) Translated title Molecular modelling of UDP-glucuronosyltransferases Issue data 2017 Phys.des. 34 Note Ved. práce Karel Berka Oponent Martin Šrejber Another responsib. Berka, Karel, 1982- (thesis advisor) Šrejber, Martin (opponent) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra buněčné biologie a genetiky (degree grantor) Keywords UGT * homologní modelování * molekulárně dynamické simulace * molekulové dokování * UGT * homology modelling * molecular dynamics simulations * molecular docking Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses UDC (043)378.22 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Bc. Degree program Bakalářský Degree program Biologie Degreee discipline Molekulární a buněčná biologie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00217486-947722231.pdf 42 2.3 MB 12.05.2017 Posudek Typ posudku 00217486-ved-973029576.pdf Posudek vedoucího 00217486-opon-187618585.pdf Posudek oponenta Call number Barcode Location Sublocation Info BP-KBB/283 (PřF-KBO) 3134520428 PřF-Holice PřF, Knihovna Holice - sklad In-Library Use Only
Náplní této bakalářské práce byla literární rešerše a zkoumání struktury UDP-glukuronosyltransferáz (UGT) in silico metodami. V teoretické části práce jsem shromáždil dosavadní informace o UGT, tedy o jejich významu při metabolismu xenobiotik, jejich názvosloví, o mechanismu glukuronizační reakce, kterou UGT zprostředkovávají, dále o struktuře UGT2B7, na kterou je tato práce zaměřena. V praktické části popisuji programy, které jsem ve své práci použil. Ve výsledcích pak komentuji model UGT2B7 vytvořený programem I-TASSER. Ten jsem následně zanořil do membrány a ve formě monomeru i dimeru vložil do molekulové dynamiky. Následně jsem vyhledával dutiny vedoucí k aktivnímu místu. Do těchto dutin jsem poté pomocí molekulového dokování vkládal molekuly UDP-glukuronové kyseliny a ibuprofenu a počítal tak jejich afinitu k aktivnímu místu. V závěru jsem na základě výsledků vyvodil, jakým způsobem UGT dimerizují a proč.The goal of this thesis is exploration of UDP-glucuronosyltransferase (UGT) structure by in silico methods. In theoretical part of thesis, I have assembled information about UGT, specifically about their importance in xenobiotic metabolism, their nomenclature, mechanism of glucuronization reaction and about structure of UGT2B7. In practical part, I have described applied programs. In result section, I have commented the model of UGT2B7, which has been generated by I-TASSER. I have embedded it to a membrane in form of monomer and dimer and analysed it with molecular dynamic simulations. Snapshots from the simulations were then used for active site cavity detection prior molecular docking. Lastly, I have used molecular docking of ibuprofen and UDP-glucuronic acid to detected cavities to measure their affinities toward active site. Finally, UGT dimerization is discussed.
Number of the records: 1