Number of the records: 1  

Štrukturálna analýza a charakteristika transportérov organických kationtov (OCTs) zo Solute carrier family 22 (SLC22)

  1. Title statementŠtrukturálna analýza a charakteristika transportérov organických kationtov (OCTs) zo Solute carrier family 22 (SLC22) [rukopis] / Nina Kadášová
    Additional Variant TitlesŠtrukturálna analýza a charakteristika transportérov organických kationtov (OCTs) zo Solute carrier family 22 (SLC22)
    Personal name Kadášová, Nina, (dissertant)
    Translated titleStructure analysis and characterization of Organic cation transporters (OCTs) in the Solute carrier family 22 (SLC22)
    Issue data2023
    Phys.des.66 s. (123 852 znakov) : il., grafy, tab.
    NoteVed. práce Karel Berka
    Oponent Radka Svobodová
    Another responsib. Berka, Karel, 1982- (thesis advisor)
    Svobodová, Radka, (opponent)
    Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra biofyziky (degree grantor)
    Keywords OCT * SLC * štruktúrna biológia * molekulové dokovanie * membránový transport * ligand * AlphaFold * SWISS-MODEL * OCT * SLC * structural biology * molecular docking * membrane transport * ligand * AlphaFold * SWISS-MODEL
    Form, Genre diplomové práce master's theses
    UDC (043)378.2
    CountryČesko
    Languageangličtina
    Document kindPUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitleMgr.
    Degree programNavazující
    Degree programFyzika
    Degreee disciplineMolekulární biofyzika
    book

    book

    Kvalifikační práceDownloadedSizedatum zpřístupnění
    00286576-344893582.pdf02.8 MB09.08.2023
    PosudekTyp posudku
    00286576-ved-249867646.pdfPosudek vedoucího
    00286576-opon-421145649.pdfPosudek oponenta
    Průběh obhajobydatum zadánídatum odevzdánídatum obhajobypřidělená hodnocenítyp hodnocení
    00286576-prubeh-439058323.docx21.10.202209.08.202301.09.2023AHodnocení známkou

    Transportéry prenášajúce rozpustené látky (SLC) tvoria rôznorodú skupinu membránových proteínov s viac ako 500 zástupcami rozdelenými do 65 rodín na základe sekvenčnej homológie a transportnej funkcie. SLC zohrávajú kľúčovú úlohu pri transporte širokého spektra rozpustných látok cez biologické membrány. Dysfunkcie týchto transportérov prispievajú k rozvoju rôznych ochorení. Preto je skúmanie týchto proteínov dôležité pre pochopenie princípov metabolizmu v ľudskom tele a mechanizmov ochorení. Táto štúdia sa konkrétne zameriava na rodinu SLC22, presnejšie na podskupinu transportérov organických katiónov (OCT). Na skúmanie väzbových vlastností ligandov OCT1 a OCT2 sa použili AI-predikované modely vytvorené pomocou AlphaFold a SWISS-MODEL spolu s dostupnou kryo-EM štruktúrami OCTs. Na identifikáciu vhodných ligandov transportovaných týmito proteínmi sa vykonalo molekulové dokovanie pomocou programov AutoDock Vina. Cieľom výsledkov je určiť účinnosť predikčných metód a preferovaných štrukturálnych modelov na pochopenie väzby ligandov v OCTs.Solute carrier transporters (SLC) comprise a diverse group of membrane-bound proteins, with over 500 representatives classified into 65 families based on sequence homology and transport function. SLCs are crucial for transporting a wide range of solutes across biological membranes. Dysfunctions in these transporters contribute to the development of various diseases. Therefore, investigating these proteins is essential for understanding metabolic principles in the human body and disease mechanisms. This study focuses on the SLC22 family, specifically, organic cation transporters (OCTs) subclades. To investigate the ligand binding properties of OCT1 and OCT2, AI-predicted models generated by AlphaFold and SWISS-MODEL were utilized, along with the available cryo-EM structures of OCTs. Molecular docking using AutoDock Vina was performed to identify suitable ligands transported by these proteins. The results aim to determine the efficacy of the prediction methods and the preferred structural models for understanding the ligand binding of OCTs.

Number of the records: 1  

  This site uses cookies to make them easier to browse. Learn more about how we use cookies.