Number of the records: 1
Mapping of protein non-coding functional regions of the barley genome using epigenetic feature profiling
Title statement Mapping of protein non-coding functional regions of the barley genome using epigenetic feature profiling [rukopis] / Jana Vyroubalová Additional Variant Titles Mapování protein nekódujících funkčních oblastí genomu ječmene využitím profilování epigenetických znaků Personal name Vyroubalová, Jana, (dissertant) Translated title Mapping of protein non-coding functional regions of the barley genome using epigenetic feature profiling Issue data 2022 Phys.des. xiv s., 52 s. (96 351 znaků) Note Oponent Aleš Pečinka Ved. práce Pavla Navrátilová Another responsib. Pečinka, Aleš, (opponent) Navrátilová, Pavla, (thesis advisor) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra buněčné biologie a genetiky (degree grantor) Keywords barley * epigenetics * histones * post-translational histone modifications * ChIP-seq * ATAC-seq * enhancers * promoters * ječmen * epigenetika * histony * post-translační histonové modifikace * ChIP-seq * ATAC-seq * enhancery * promotory Form, Genre diplomové práce master's theses UDC (043)378.2 Country Česko Language angličtina Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Mgr. Degree program Navazující Degree program Biologie Degreee discipline Molekulární a buněčná biologie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00271798-546127373.pdf 19 3.5 MB 29.04.2022 Posudek Typ posudku 00271798-ved-937004085.pdf Posudek vedoucího 00271798-opon-819679482.pdf Posudek oponenta
The theoretical part of this thesis contains a comprehensive literature review incorporating key information on barley plants and epigenetics, with emphasis on enhancers and histone modifications. It also describes how to study epigenetic landscapes, primarily the ATAC-seq and the histone marker ChIP-seq methods. In the experimental part of this work, barley embryos 8 days after pollination (DAP), 24 DAP and 4 days after germination (DAG) seedlings were collected and subjected to ChIP-seq and ATAC-seq analysis. Sequencing data processing and analysis followed using bioinformatical tools.Teoretická část této diplomové práce obsahuje literární přehled zahrnující klíčové informace, které se týkají ječmene a epigenetiky, zejména informace o enhancerech a histonových modifikacích. Metody využívané k epigenetickému profilování, především ATAC-seq a ChIP-seq pro post-translační histonové modifikace, jsou taktéž popsány. Experimentální část je zaměřena na studium třech stádií ječmene - embryí 8 a 24 dní po opylení a 4denních klíčků. Tyto tkáně byly podrobeny ATAC-seq a ChIP-seq analýze. Sekvenační data byla zpracována a analyzována za pomoci bioinformatických nástrojů.
Number of the records: 1