Number of the records: 1
Molekularní identifikace druhové diversity rodu Agrilus (Coleoptera: Buprestidae)
Title statement Molekularní identifikace druhové diversity rodu Agrilus (Coleoptera: Buprestidae) [rukopis] / Ivana Kelnarová Additional Variant Titles Molekularní identifikace druhové diversity rodu Agrilus (Coleoptera: Buprestidae) Personal name Kelnarová, Ivana (dissertant) Translated title Molecular identification of specific diversity in Agrilus (Coleoptera: Buprestidae) Issue data 2017 Phys.des. 51 s. a 31 s. příloh : il., grafy, tab. + 1 CD Note Ved. práce Ladislav Bocák Oponent Michal Motyka Another responsib. Bocák, Ladislav (thesis advisor) Motyka, Michal (opponent) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra zoologie a ornitologická laboratoř (degree grantor) Keywords Agrilus * invazivní druhy * databáze DNA markerů * barcode * cox1 mtDNA * rrnL mtDNA * RAxML * Agrilus * Invasive species * DNA markers database * barcode * cox1 mtDNA * rrnL mtDNA * RAxML Form, Genre diplomové práce master's theses UDC (043)378.2 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Mgr. Degree program Navazující Degree program Biologie Degreee discipline Zoologie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00219316-416696457.pdf 29 2.2 MB 28.07.2017 Posudek Typ posudku 00219316-ved-750698714.pdf Posudek vedoucího 00219316-opon-998554551.docx Posudek oponenta Call number Barcode Location Sublocation Info DP-ZOO/445 (PřF-KBO) 3134520722 PřF-Holice PřF, Knihovna Holice - sklad In-Library Use Only
Tato studie se zabývá klasifikací rodu Agrilus (Coleoptera: Buprestidae), nejpočetnější, značně morfologicky uniformní skupiny hmyzu, která obsahuje více než 3000 druhů. Mnohé z těchto druhů jsou významnými škůdci, kteří se za příhodných podmínek stávají v některých oblastech invazivními. Značná morfologická podobnost jednotlivých druhů znesnadňuje jejich jednoznačnou identifikaci, která je pro rychlé zachycení výskytu neznámého škůdce nezbytná. Určit neznámý druh rodu Agrilus, zvláště pokud je nepůvodní, je bez rozsáhlé srovnávací sbírky téměř nemožné a specialistů zabývajících se rodem Agrilus je velmi málo. Tato práce nabízí možnost identifikace neznámých vzorků pomocí databáze molekulárních markerů zahrnující téměř 100 druhů rodu Agrilus, jež je dostupná v databázi GenBank a použitelná pro molekulárně založenou identifikaci nových vzorků. V této studii byly použity dva přístupy: byly vytvořeny fylogenetické stromy na základě molekulárních markerů s použitím metody maximum likelihood a dále byly srovnány genetické párové vzdálenosti. Analýza 'barcode' fragmentu neumožňuje identifikace, pokud daný druh již není zachycen v databázi. V případě analýzy více fragmentů, je možné po nenalezení odpovídajícího jedince pomocí fylogenetické hypotézy o příbuznosti druhů nalézt nejpříbuznější sesterskou linii s jistým geografickým původem a odhadnout tak původ neznámého vzorku. V databázi jsou rovněž zachyceny nepůvodní druhy zavlečené do Severní Ameriky z Evropy a Asie.This work tests the methods for DNA-based identification of the largest, morphologically uniform insect lineage. The genus Agrilus (Coleoptera: Buprestidae), which includes more than 3000 morphologically identified species, contains economically important pests, which become invasive in some areas with suitable conditions. The unambiguous identification, which is necessery for quick interception and disposal, is complicated by high morphological similarity of individual species. The identification of the unknown species of Agrilus is impossible without an extensive reference collection and expertize knowledge and additionally, there are few trained entomologists available. This study demonstrates the effectiveness of various methods for identification of unknown samples. I used a newly produced molecular marker database, which represents about 100 species of the genus Agrilus from the Northern Hemisphere and the data available in GenBank database. The tree-based and distance based methods were used for identification of species limits and estimation of a cryptic genetic diversity. In this study, phylogenetic hypotheses were also constructed based using molecular markers and maximum likelihood optimality criterion. If the closely similar sequence is absent in the database, to data can identify the most closely related sister species of population, inable estimation of the geographic origin based on the phylogenetic hypothesis.
Number of the records: 1