Neenzymová glykace produkuje glykované proteiny, které lze separovat pomocí polyakrylamidových gelů s inkorporovanou fenylboronovou kyselinou na základě reverzibilní interakce této kyseliny s anomerními cis-dioly přítomnými u glykovaných proteinů. Enzymatickou glykosylací vznikají dva typy glykoproteinů N-glykoproteiny a O-glykoproteiny. Tato bakalářská práce je zaměřena na studium separace glykosylovaných proteinů pomocí afinitních polyakrylamidových gelů. Byla pozorována migrace proteinů sóje (Glycine max), především glykosylovaného proteinu -konglycininu a dále jaderných proteinů ječmene (Hordeum vulgare), separovaných pomocí běžných a afinitních polyakrylamidových gelů. Afinitní gely byly připraveny přídavkem ligandu methakrylamido-fenylboronové kyseliny k polymerační směsi. Peptidy získané proteolytickým štěpením proteinových frakcí z gelu byly zpracovány a separovány pro sekvenční analýzu tandemovou hmotnostní spektrometrií pomocí přístroje MALDI TOF/TOF.Non-enzymatic glycation produces glycated proteins that can be separated by polyacrylamide gels with incorporated phenylboronic acid based on reversible interaction of this acid with anomeric cis-diols present in glycated proteins. Enzymatic glycosylation results in two types of glycoproteins: N-glycoproteins and O-glycoproteins. This bachelor thesis is focused on study of the separation glycosylated proteins using affinty polyacrylamide gels. Soybean proteins (Glycine max) particulary glycosylated -conglycinin and nuclear proteins from barley (Hordeum vulgare) were separated by convention and affinity plyacrylamide gels. Affinity gels were prepared by addition of the ligand methacrylamido phenylboronic acid to polymerization mixture. Peptides obtained by proteolytic cleavage of protein fractions from gels were processed and separated for sequential analysis by tandem mass spectrometry using a MALDI TOF/TOF instument.