Předmětem diplomové práce ?Problematika daňového řízení u neziskových organizací? je analýza problematických oblastí při zpracování a předkládání přiznání k dani z příjmů neziskových organizací. První část práce je věnovaná specifikaci neziskových organizací v oblasti vzniku a jejich registrace, způsobu vedení účetnictví a oblasti daňových předpisů. Druhá část je zaměřena na zpracování metodiky k sestavení přiznání k dani z příjmů a je provedena analýza zkušeností správců daní s výskytem problémů a chyb při vyměřování daně z příjmů na základě podaných přiznání.The principal aim of diploma work ?Problems of Tax Procedure in Non-profit organizations? is analysis problematic parts during process and declaration of taxes Non-profit organizations. First part of thesis is attention paid to specification Non-profit organizations in the sphere of creation and their registration, process of leading tax accounting and tax laws. The goal of second part is processing of methods to document assembly of declaration of taxes. There is also making of analyses of tax administrators experiences with problems and mistakes during assessment of a tax of incomes.