Hlavním cílem bakalářské práce bylo stanovení celkového počtu mikroorganismů a detekce metanogenních archeí v podélném profilu sedimentu řeky Labe. Práce probíhala v laboratoři, s využitím metody barvení DAPI, pro stanovení celkového počtu mikroorganismů a FISH (fluorescenční hybridizace in situ) k detekci metanogenních archeí. Lokality v podélném profilu nevykazují žádný trend, můžeme tedy mluvit o nehomogenním zastoupení mikroorganismů v rámci jednotlivých lokalit. Důkaz pro zvyšující se abundanci ve smeru proudu ve směru po proudu nebyl nalezen. Zároveň výsledky ukazují existence míst se zvýšenou mikrobiální abundancí a abundancí metanogenů.v souvislosti s antropogenním vlivem okolí.The aim of this bachelor thesis was to determine the total number mikroorganisms and methanogenetic archeae detection in the longitudinal profile of the sediment of the Elbe river. Work carried out in the laboratory using methods DAPI for determination of total microbial count and FISH (fluorescent in situ hybridization) to detect methanogenic archaea. Individual locations overall, show no trend, so we can talk about inhomogeneous representation within individual sites. Evidence for accumulation in the downstream direction was not found. Simultaneously results show the existence of locations with increased abundance of microorganisms and methanogens.