Analýza kosterních pozůstatků přináší mnohé informace jako například nemoci zkoumaného jedince, jeho průběh a délku života, stresové markery, nebo i stravovací režim. Cílem této práce je vyvinutí metody pro celkovou analýzu nízkomolekulárních látek v archeologických i paleontologických kostech se zaměřením na lipidy (mastné kyseliny), steroly (cholesterol), peptidy a aminokyseliny. Tyto látky byly analyzovány pomocí plynové chromatografe kombinované s hmotnostní spektrometrií (GC-MS) a hmotnostní spektrometrie s využitím laserové desorpce/ionizace za spoluúčasti matrice (MALDI). Metoda byla úspěšně vyvinuta na lidské stehenní kosti (11. století) a poté byla dále testována na paleontologických kostech.Analysis of skeletal remains brings plenty of information, e.g. diseases of the individual examined, the length and course of life, stress markers, and diet. The aim of the thesis is to develop methods for comprehensive analysis of low molecular weight substances both in archaeological and paleontological bones with focus on lipids (fatty acids), sterols (cholesterol), and amino acid peptides. The substances were analyzed using gas chromatography coupled to mass spectrometry (GC-MS) and matrix assisted laser desorption/ionization (MALDI). The method was successfully developed on human femur (11th century) and then tested on paleontological bones.