Number of the records: 1
Fylogenetická analýza sekvencí z vybraných rodin aldehyddehydrogenas z nižších rostlin
Title statement Fylogenetická analýza sekvencí z vybraných rodin aldehyddehydrogenas z nižších rostlin [rukopis] / Šimon Pavlů Additional Variant Titles Fylogenetická analýza sekvencí vybraných rodin aldehyddehydrogenas z nižších rostlin Personal name Pavlů, Šimon, (dissertant) Translated title Phylogenetic analysis of sequences of selected families of aldehyde dehydrogenase from lower plants Issue data 2019 Phys.des. 57 s. : il., grafy, tab. Note Ved. práce David Kopečný Oponent David Zalabák Another responsib. Kopečný, David (thesis advisor) Zalabák, David (opponent) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra biochemie (degree grantor) Keywords aldehyddehydrogenasa * BLAST * PhyML * metabolismus aldehydů * řasa * kapradina * fylogeneze * Aldehyde dehydrogenase * aldehyde metabolism * Algea * BLAST * Fern * phylogenesis * PhyML Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses UDC (043)378.22 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Bc. Degree program Bakalářský Degree program Biochemie Degreee discipline Bioinformatika book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00234398-937091030.pdf 27 4.7 MB 14.05.2019 Posudek Typ posudku 00234398-ved-117758066.pdf Posudek vedoucího 00234398-opon-949062138.pdf Posudek oponenta
Tato bakalářská práce se zabývá analýzou sekvencí aldehyddehydrogenas (ALDH) v nižších rostlinách - řasách a kapradinách. Teoretická část je zaměřena na rešerši současných poznatků o nadrodině rostlinných aldehyddehydrogenas. Výsledková část zahrnuje vyhledávání pomocí softwaru BLAST a identifikaci ALDH genů v genomech řas Klebsormidium nitens, Coccomyxa subellipsoidea a Chromochloris zofingiensis a genomu kapradiny Azolla filiculoides. Sekvence kódovaných proteinů byly rozřazeny dle schválené klasifikace do rodin a podrodin a byla provedena fylogenetická analýza příbuznosti ALDH z vybraných rodin s členy z vyšších rostlin, pomocí softwaru PhyML. Bylo zjištěno, že většina ALDH genů je v genomech řas přítomna v jedné kopii a u dvou řas byla zjištěna absence silně konzervovaného genu ALDH7. Dále byla zjištěna přítomnost ALDH genu, o kterém se předpokládalo, že je přítomen pouze ve vyšších rostlinách.This bachelor thesis deals with the analysis of aldehyde dehydrogenase (ALDH) sequences in lower plants - algae and ferns. The theoretical part is focused on research of current knowledge about plant aldehyde dehydrogenase. The results include BLAST search and identification of ALDH genes in the Klebsormidium nitens, Coccomyxa subellipsoidea and Chromochloris zofingiensis genomes and Azolla filiculoides genome. The sequences of the encoded proteins were classified according to the approved classification into families and subfamilies and phylogenetic analysis of ALDH affinity of selected families with members from higher plants was performed using PhyML software. Most of the ALDH genes were found to be present in one copy in algal genomes and the absence of a strongly conserved ALDH7 gene was found in two algae. Furthermore, the presence of the ALDH gene was found, that was supposed to be present only in higher plants.
Number of the records: 1