Number of the records: 1
Celogenomové sekvenování vybraných druhů sinic
Title statement Celogenomové sekvenování vybraných druhů sinic [rukopis] / Marek Glombik Additional Variant Titles Celogenomové sekvenování vybraných druhů sinic Personal name Glombik, Marek (dissertant) Translated title Whole-genome sequencing of selected cyanobacterial species Issue data 2017 Phys.des. 128 s. (204 954 znaků) : tab. Note Ved. práce Aloisie Poulíčková Oponent Luboš Majeský Ved. práce Petr Dvořák Another responsib. Poulíčková, Aloisie, 1961- (consultant) Majeský, Luboš (opponent) Dvořák, Petr (thesis advisor) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra buněčné biologie a genetiky (degree grantor) Keywords bioinformatika * celogenomové sekvenování * fylogenetika * fylogenomika * sinice * Synechococcus * Jacksonvillea * bioinformatics * whole-genome sequencing * phylogenetics * phylogenomics * cyanobacteria * Synechococcus * Jacksonvillea Form, Genre diplomové práce master's theses UDC (043)378.2 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Mgr. Degree program Navazující Degree program Biologie Degreee discipline Molekulární a buněčná biologie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00214369-662092807.pdf 77 4 MB 28.04.2017 Posudek Typ posudku 00214369-ved-157149214.pdf Posudek vedoucího 00214369-opon-525555016.pdf Posudek oponenta Call number Barcode Location Sublocation Info DP-KBB/185 (PřF-KBO) 3134520377 PřF-Holice PřF, Knihovna Holice - sklad In-Library Use Only
Diplomová práce se zabývá celogenomovým sekvenováním a anotací 2 vybraných druhů sinic, sladkovodní sinice Jacksonvillea apiculata 2014/77b a epizoické nebo endozoické sinice Synechococcus sp. S4. Teoretická část obsahuje poznatky o fylogenomice, genomice sinic a genome streamliningu, využití celogenomového sekvenování ve výzkumu evoluce sinic a sekundárním metabolismu. Praktická část zahrnuje zpracování sekvenčních dat a kompletní anotaci kódujících sekvencí, repetitivních sekvencí, tRNA, analýzu ontologie genů, přítomnosti sekundárního metabolismu a zařazení do systému sinic na základě fylogenomického přístupu u obou vybraných druhů sinic. U Synechococca sp. S4 byla ještě navíc provedena analýza horizontálního přenosu genů, analýza přítomnosti delecí a inverzí v porovnání s nejbližším příbuzným, sinicí Cyanobium gracile PCC 6307 a datovací analýza. Velikost genomu J. apiculata 2014/77b byla stanovena na 10,7 Mb s 44% obsahem G:C bází a 10 096 protein kódujícími sekvencemi. Fylogenomickou analýzou byla J. apiculata zařazena do řádu Oscillatoriales, ale byla odhalena možná kontaminace kmenu jinou sinicí. Velikost genomu Synechococca sp. S4 byla stanovena na 2,7 Mb s obsahem G:C bází 70 % a 2 672 protein kódujícími sekvencemi. Fylogenomickou analýzou byla potvrzena předpokládaná příbuznost se sinicí C. gracile PCC 6307. Nebylo potvrzeno spojení redukce genomu Synechococca sp. S4 se symbiózou. Datovací analýzou bylo určeno stáří tohoto druhu na přibližně 90 milionů let.This diploma thesis is focused on a whole-genome sequencing and annotation of two selected cyanobacterial species, freshwater cyanobacterium Jacksonvillea apiculata 2014/77b and epizoic or endozoic cyanobacteria Synechococcus sp. S4. Theoretical part of this thesis contains principal knowledge of phylogenomics, cyanobacterial genomics and genome streamlining, using whole-genome sequencing to study the evolution of cyanobacteria and secondary metabolism. Practical part of this thesis involves processing primary sequence data, complete annotation of coding regions, repetitive sequences, tRNA, gene ontology analysis, presence of secondary metabolism and an inference of cyanobacterial phylogeny of the two selected cyanobacterial species by the phylogenomic approach. This part also contains the analysis of horizontal gene transfer, presence of deletions and inversions of Synechococcus sp. S4 by comparison with its closest neighbour Cyanobium gracile PCC 6307 and the divergence time analysis. The size of the genome of J. apiculata 2014/77b is 10,7 Mb with the G:C content of 44 % and 10 096 coding sequences. Phylogenomic analysis pinpointed the location of J. apiculata to an Oscillatoriales order but a possible contamination by a different cyanobacteria in the culture has been found. The size of the genome of Synechococcus sp. S4 is 2,7 Mb with the G:C content of 70 % and 2 672 coding sequences. Phylogenomic analysis has confirmed its close relationship with C. gracile PCC 6307. A connection between the genome reduction of Synechococcus sp. S4 and symbiosis hasn't been found. Divergence time analysis dated the origin of this species to approximately 90 million years ago.
Number of the records: 1