Molekulární knihovny jsou soubory fragmentovaných částí DNA. Setkáváme se s cDNA knihovnami, genomovými knihovnami nebo randomizovanými mutantními knihovnami. Molekulární knihovny jsou používány při klonování, fyzickém mapování, molekulární cytogenetice, porovnávací genomice a při genomovém sekvenování. V této bakalářské práci je popsán základní historický vývoj molekulárních knihoven, od knihoven využívajících artificiálních chromozomy po, v dnešní době nejvíce využívané, speciální knihovny pro masivně paralelní sekvenování. Vzhledem k faktu, že se knihovny využívají především k sekvenování jsou v dalších kapitolách popsány sekvenační metody nové generace a u každé je podrobně rozebrána příprava molekulární knihovny pro daný sekvenční systém. Experimentální část této práce se zaměřuje na optimalizaci přípravy sekvenčních knihoven pro transkriptomové sekvenování u platformy Illumina.Molecular libraries are fragmented parts of DNA. Common are cDNA libraries, genomic libraries or randomized mutant libraries. Molecular libraries are used in cloning, physical mapping, molecular cytogenetics, comparative genomics and genomic sequencing. In this thesis is described the basic historical development of molecular libraries, from the libraries using artificial chromosomes to nowadays the most used special libraries for massively parallel sequencing. Due to the fact that the libraries are primarily used for sequencing, they are described in several chapters. Next chapters are for the methods of new generation sequencing systems and for each of them is described in detail the preparation of molecular libraries. The experimental part of this work is focused on optimisation of the preparation of sequencing libraries for transcriptomics sequencing on Illumina platform.