Number of the records: 1  

Analýza chování silových polí při simulacích DNA a RNA

  1. Title statementAnalýza chování silových polí při simulacích DNA a RNA [rukopis] / Ivana Velikovská
    Additional Variant TitlesAnalýza chování silových polí při simulacích DNA a RNA
    Personal name Velikovská, Ivana (dissertant)
    Translated titleAnalysis of the Force Field Bahaviour in DNA and RNA Simulations
    Issue data2010
    Phys.des.84 s., 3. obr. příloh. : il., grafy, tab.
    NoteVed. práce Petr Jurečka
    Another responsib. Jurečka, Petr (thesis advisor)
    Berka, Karel, 1982- (opponent)
    Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor)
    Keywords DNA * RNA * AMBER * MD simulace * helikální parametry * permitivita * glykosidický úhel * van der Waalsovy parametry * empirický potenciál * DNA * RNA * AMBER * MD simulation * helical parameters * permittivity * glycosidic angle * van der Waals parameters * force field
    Form, Genre diplomové práce master's theses
    UDC (043)378.2
    CountryČesko
    Languagečeština
    Document kindPUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitleMgr.
    Degree programNavazující
    Degree programChemie
    Degreee disciplineFyzikální chemie
    book

    book

    Kvalifikační práceDownloadedSizedatum zpřístupnění
    74040-111222688.pdf742 MB26.05.2010
    PosudekTyp posudku
    74040-ved-306668419.docPosudek vedoucího
    74040-opon-236764378.docPosudek oponenta

    Cílem této práce bylo zjistit, které parametry silového pole ovlivňují vybrané strukturní parametry DNA a RNA a jak se makromolekula jako celek chová v závislosti na změně parametrů, jako například permitivita, torzní úhel ? (amplituda a fázový posun) a van der Waalsovy parametry. V rámci diplomové práce jsem také zkoumala korelace parametrů silového pole se strukturními parametry molekul nukleových kyselin pomocí vytvořených korelačních tabulek a dále jsem tyto závislosti charakterizovala jejich směrnicemi. Navíc jsem porovnala vliv použitého modelu rozpouštědla (implicitní a explicitní) na základní strukturní charakteristiky makromolekul DNA a RNA.The aim of this study was to determine which parameters of force field influence the structural parameters DNA and RNA and determine how macromolecule reacts to the change of parameters as permittivity, angle ? (its amplitude and phase shift) or van der Waals parameters. Using prepared correlation tables I have also examined the correlation of force field parameters with the structural parameters of nucleic acids and characterized them by their slopes. Moreover, I assessed the effect of solvent (implicit and explicit) on the structural characteristics of DNA and RNA molecules.

Number of the records: 1  

  This site uses cookies to make them easier to browse. Learn more about how we use cookies.