Včela medonosná (Apis mellifera) je bezpochyby nejdůležitějším opylovatelem na světě. Úbytek včelstev v posledních letech je způsoben vzájemným působením mnoha faktorů, mezi které patří i patogeny. Tato práce je zaměřena na pět vybraných patogenů, kterými jsou Serratia marcescens, Nosema apis, Nosema ceranae a méně prostudovaní parazité Crithidia mellificae a Lotmaria passim. V teoretické části byly popsány složky imunitního systému včel, také byla popsána důležitost včelího mikrobiomu a vliv jeho narušení na zdraví včel. Dále byly popsány vybrané patogeny, a to především mechanismy jejich infekčnosti pro včely a šíření infekce. Poslední kapitola teoretické části je poté věnována diagnostice patogenů, a to mikrobiální kultivaci, mikroskopii, analýze MALDI-TOF MS a PCR. V poslední části práce byl popsán návrh experimentální části, tedy jak by se mohly zpracovat včelí vzorky, jak by mohla být izolována DNA z těchto vzorků a jakým způsobem by byla provedena PCR a elektroforéza v agarosovém gelu pro detekci patogenů.The Honeybee (Apis mellifera) is without a doubt the most important pollinator in the world. The decline in honeybee population in recent years is caused by several factors, that include bee pathogens. This thesis focuses on five selected pathogens, Serratia marcescens, Nosema apis, Nosema ceranae and less known parasites Crithidia mellificae and Lotmaria passim. In the theoretical part of this thesis, the components of honeybee immune system were described, as well as the importance of bee microbiom and the impact of its disruption on bee health. Next, the selected pathogens were described with an emphasis on the mechanisms of their infectivity and the spread of infection. The last chapter is focused on laboratory diagnostics of pathogens, which includes microbial cultivation, microscopy, MALDI-TOF MS and PCR analysis. In the last part of this theses, a proposed experiment was described, which includes a description of honeybee samples processing, DNA isolation from these samples, PCR, and agarose gel electrophoresis for pathogen detection.