Number of the records: 1
Srovnání silových polí pro studium biologických membrán
Title statement Srovnání silových polí pro studium biologických membrán [rukopis] / Martin Šrejber Additional Variant Titles Srovnání silových polí pro studium biologických membrán Personal name Šrejber, Martin (dissertant) Translated title Validation of force-fields for biological membranes Issue data 2014 Phys.des. 1 CD ROM Note Ved. práce Karel Berka Another responsib. Berka, Karel, 1982- (thesis advisor) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor) Keywords biologické membrány * molekulárně dynamické simulace * silová pole * biological membranes * molecular dynamics simulations * force fields Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses UDC (043)378.22 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Bc. Degree program Bakalářský Degree program Chemie Degreee discipline Aplikovaná chemie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00186790-706586131.pdf 21 1.3 MB 12.05.2014 Posudek Typ posudku 00186790-ved-525140144.pdf Posudek vedoucího 00186790-opon-970106311.doc Posudek oponenta
Biologické membrány jsou nezbytné pro život buněk, protože určují hranice mezi vnitřním prostředím buňky a okolím. Biologické membrány jsou tvořeny lipidovými dvojvrstvami s vnořenými membránovými proteiny, přičemž nejčastějšími lipidovými typy jsou fosfatidylcholiny. V této práci jsme analyzovali model lipidové dvojvrstvy tvořené dioleoylfosfatidylcholinem (DOPC) pomocí molekulárně dynamických (MD) simulací. Silová pole jsou parametrizované funkce potenciálních energií používané v MD simulacích, přičemž různá silová pole poskytují rozdílné chování lipidových dvojvrstev. V této práci jsme se soustředili na zhodnocení výsledků jednotlivých silových polí v porovnání s experimentálně dostupnými údaji. Mezi tyto údaje patřily například plocha lipidu, objem lipidu, různé druhy tlouštěk membrány, stupně uspořádanosti uhlíku a laterální difúze lipidů. Na základě tohoto srovnání jsme byli schopni vybrat silová pole, která nejlépe reprodukují vlastnosti reálných membrán.Biological membranes play the key role in cell survival as they divide cell interior and its surrounding environment. The typical structure of biological membrane is lipid bilayer with embedded proteins. Major lipid components in mammals are phosphatidylcholines. Here, we analysed dioleoylphosphatidylcholine (DOPC) bilayer by means of molecular dynamics (MD) simulations. MD simulations use parameters and potential functions which are called "force field". The different force fields can generally show different behaviour of lipid bilayers. In this work, we have tried to validate several lipid force fields with experimental evidence, such as area per lipid (AL), volume per lipid (VL), several membrane thickness parameters, lipid order parameters (SCD) and lipid lateral diffusion. Finally, we were able to select force fields that reproduce experimental behaviour of real biological membrane.
Number of the records: 1