Disertační práce je zaměřena na analýzu vybraných přírodních toxinů (biogenní aminy, houbové toxiny) v reálných vzorcích potravin a biologického materiálu pomocí kapilární elektroforézy. Hlavním cílem bylo vyvinout alternativní metody pro analýzu studovaných látek k běžně používaným chromatografickým metodám, které bude možno následně využít pro rutinní analýzy. Disertační práce se opírá o elektroforetické metody využívající odlišné instrumentální uspořádání, a to on-line spojení kapilární izotachoforézy s kapilární zónovou elektroforézou (CITP-CZE) využívající UV detekci a spojení kapilární elektroforézy s hmotnostní spektrometrií (CE-MS).Dissertation thesis is focused on the analysis of selected natural toxins (biogenic amines, mushroom toxins) in real samples, especially in food and biological material, by capillary electrophoresis. The main goal of the thesis was to develop alternative methods to commonly used chromatographic methods for the analysis of studied compounds, which thus could be applied for routine analysis. The thesis is based on the electrophoretic methods using different instrumental arrangement, namely on-line combination of capillary isotachophoresis-capillary zone electrophoresis (CITP-CZE) with UV detection and combination of capillary electrophoresis with mass spectrometry (CE-MS).