Number of the records: 1
Kvantově chemické vypočty termodynamických charakteristik tvorby dimeru methylovaných páru basí nukleových kyselin v plynné fázi
Title statement Kvantově chemické vypočty termodynamických charakteristik tvorby dimeru methylovaných páru basí nukleových kyselin v plynné fázi [rukopis] / Adam Pecina Additional Variant Titles Kvantově chemické vypočty termodynamických charakteristik tvorby dimerů methylovaných párů basí nukleových kyselin v plynné fázi Personal name Pecina, Adam (dissertant) Translated title Quantum chemical investigation of thermodynamic characteristics of formation of methylated DNA basis in vacuo Issue data 2009 Phys.des. 52 s. (60591 znaků) : grafy, tab. + CD ROM Note Ved. práce Pavel Hobza Another responsib. Hobza, Pavel, 1946- (thesis advisor) Jurečka, Petr (opponent) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor) Keywords kvantová chemie * 1-methyluracil dimer * termodynamické charakteristiky * methylated uracil dimer * High-level wave function and Density functional theory calculations * thermodynamical analyze Form, Genre diplomové práce master's theses UDC (043)378.2 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Mgr. Degree program Navazující Degree program Chemie Degreee discipline Biofyzikální chemie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 94465-784453700.pdf 0 1.2 MB 31.12.2999
Práce se zabývá srovnáním vysoce přesných kvantově mechanických výpočtů interakčních energií třinácti různých konformací systému 1-methyluracil dimeru, jakožto reprezentativního systému párů basí nukleových kyselin. Termodynamická analýza charakterizuje vzájemnou souhru enthalpie a entropie na vytváření preferovaných konformací systému.Theoretical analysis of the formation of 1-methyluracil dimer was performed. Stabilization energies of 13 different conformations were evaluated at a very high ab initio level by complete basis set limit calculations. In this work we compare accurate interaction energies estimated at CCSD(T)/CBS level with Density functional theory calculations DFT-D/BLYP/TZVP, DFTD/tpss/LP and with calculations of semiempirical methods SCC-DFTB and PM6-DH. All interaction energies were corrected for basis set superposition error (BSSE) with use of counterpoise correction. The thermodynamic characteristics were calculated using rigid rotor-harmonic oscillator-ideal gas approximations. Interaction enthalpie at 0 K were observed by including the zero point energies. Gibbs energies at various temperatures were calculated to include entropy influence. The present calculations allow us to make more general conclusions concerning the interplay of enthalpy and entropy in stabilizing DNA base pairs in vacuo.
Number of the records: 1