Předložená diplomová práce je zaměřena na optimalizaci metody malování chromozomů (oligo-painting FISH) a její aplikaci k analýze struktury a uspořádání chromozomu 2 u ječmene a chromozomů 7A, 7B, 7D u pšenice v G1, S a G2 fázi buněčného cyklu v polyakrylamidovém gelu. Teoretická část je zaměřena na charakterizaci ječmene a pšenice, popis obecné architektury chromatinu v průběhu buněčného cyklu, popisu podobností a rozdílů architektury chromatinu v živočišných a rostlinných buňkách a popisu metod studia genomů s důrazem na genomy rostlin a metodu FISH. Experimentální část práce pojednává o zvládnutí optimalizace metody oligo-painting FISH k analýze interfázního chromozomu 2 ječmene a chromozomů 7A, 7B, 7D pšenice, dále fenoménem asociace chromozomálních teritorií chromozomu 2 a centromer u ječmene.The presented thesis is focused on the optimization of the chromosome painting method (oligo-painting FISH) and its application to the analysis of the structure and arrangement of chromosome 2 in barley and chromosomes 7A, 7B, 7D in wheat in G1, S and G2 phase of the cell cycle in polyacrylamide gel. The theoretical part is focused on characterization of barley and wheat, description of general chromatin architecture during the cell cycle, description of similarities and differences of chromatin architecture in animal and plant cells and description of methods of studying genomes with emphasis on plant genomes and FISH method. The experimental part of the thesis deals with mastering the optimization of the oligo-painting FISH method to analyze the interphase chromosome 2 of barley and chromosomes 7A, 7B, 7D of wheat, as well as the phenomenon of association of chromosomal territories of chromosome 2 and centromeres in barley.