Number of the records: 1
Molekulárně biologická charakteristika 'plasmopara halstedii virus'
Title statement Molekulárně biologická charakteristika 'plasmopara halstedii virus' [rukopis] / Adéla Kovalíková Additional Variant Titles Molekulárně biologická charakteristika ´plasmopara halstedii virus´ Personal name Kovalíková, Adéla, (dissertant) Translated title Molecular characterisation of ´plasmopara halstedii virus´ Issue data 2023 Phys.des. x, 68 : il., tab. Note Ved. práce Dana Šafářová Ved. práce Michaela Sedlářová Another responsib. Šafářová, Dana (thesis advisor) Sedlářová, Michaela, 1973- (consultant) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra buněčné biologie a genetiky (degree grantor) Keywords Plasmopara halstedii * slunečnice * RT-PCR * Sangerovo sekvenování * SNPs * fylogenetická analýza * Plasmopara halstedii * sunflower * RT-PCR * Sanger sequencing * SNPs * phylogeny Form, Genre diplomové práce master's theses UDC (043)378.2 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Mgr. Degree program Navazující Degree program Molekulární a buněčná biologie Degreee discipline Molekulární a buněčná biologie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00279639-753051712.pdf 27 4.1 MB 28.04.2023 Posudek Typ posudku 00279639-ved-485674605.pdf Posudek vedoucího 00279639-opon-935245101.pdf Posudek oponenta
Literární rešerše diplomové práce se zabývá popisem nového mykoviru 'plasmopara halstedii virus', obecnou charakteristikou mykovirů a v neposlední řadě popisem hostitele viru, Plasmopara halstedii, původce plísně slunečnice. V rámci experimentální části práce bylo charakterizováno 23 českých a 12 maďarských izolátů 'plasmopara halstedii virus'. U 25 z nich byly pomocí RT-PCR a Sangerova sekvenování získány téměř kompletní sekvence genomických RNA1 a RNA2 molekul o délce 2636-2743 nt, respektive 1344-1441 nt. U 3 izolátů byly získány téměř kompletní sekvence RNA2 molekuly o délce 1274-1396. U 6 izolátů byla získána parciální RNA2 sekvence o délce 544-588 nt, u jednoho izolátu pak parciální RNA1 sekvence o délce 1886 nt. Sekvence vykazovaly 99,64-100% identitu se známými izoláty PhV. V obou molekulách bylo 19 variabilních míst, z toho 6 zcela nových, na jejichž základě byly PhV izoláty rozděleny do 6 RNA1 a 6 RNA2 genotypů, jeden z nich byl vždy prevalentní a zbývajících pět bylo nově detekovaných. Fylogenetickou a distanční analýzou genomických a aminokyselinových sekvencí byla potvrzena vysoká homogenita české i maďarské populace 'plasmopara halstedii virus', která je v souladu se známou varibilitou ve světě doposud popsaných izolátů PhV. Nebyl zjištěn žádný vztah mezi genotypem a původem anebo datem sběru virového izolátu. Byly určeny rasy čtyř kmenů Plasmopara halstedii, byly zaznamenány v ČR běžné rasy 700 60 a 710 60, a také nová, dosud nepopsaná, rasa 712 60.The literary research of the diploma thesis deals with the description of a new mycovirus, 'plasmopara halstedii virus', a general characteristic of mycoviruses, and a description of the virus host, Plasmopara halstedii, the causal agent of sunflower downy mildew. In the experimental part of the thesis, 23 Czech and 12 Hungarian isolates of 'plasmopara halstedii virus' were characterized. Nearly complete sequences of genomic RNA1 and RNA2 molecules of length 2636-2743 nt and 1344-1441 nt, respectively, were obtained for 25 of them using RT-PCR and Sanger sequencing. Nearly complete sequences of the RNA2 molecule of length 1274-1396 were obtained for 3 isolates. Partial RNA2 sequences of 544-588 nt were obtained for 6 isolates and partial RNA1 sequence of 1886 nt was obtained for one isolate. The sequences showed 99,64-100% identity with known PhV isolates. The 19 variable sites were detected in both molecules, including 6 completely new ones, based on which PhV isolates were divided into 6 RNA1 and 6 RNA2 genotypes, one of which was always prevalent, and the remaining five were newly detected. Phylogenetic and distance analysis of genomic and amino acid sequences confirmed the high homogeneity of the Czech and Hungarian populations of 'plasmopara halstedii virus', consistent with the known variability of PhV isolates worldwide. No relationship was found between genotype and origin or date of collection of the virus isolate. Races of four Plasmopara halstedii strains were determined, including the common races 700 60 and 710 60, and a new, previously undescribed race 712 60 recorded in the Czech Republic.
Number of the records: 1