Number of the records: 1
Návrh struktur vybraných makromolekul metodami výpočetní chemie
Title statement Návrh struktur vybraných makromolekul metodami výpočetní chemie [rukopis] / Jan Pauswang Additional Variant Titles Návrh struktur vybraných makromolekul metodami výpočetní chemie Personal name Pauswang, Jan (dissertant) Translated title Design of macromolecular structures using computational methods Issue data 2018 Phys.des. 47 Note Oponent Karel Berka Ved. práce Petra Kührová Another responsib. Berka, Karel, 1982- (opponent) Kührová, Petra (thesis advisor) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor) Keywords molekulová mechanika * molekulová dynamika * Amber * polymeráza * cytomegalovirus * model polymerázy * molecular mechanics * molecular dynamics * Amber * polymerase * cytomegalovirus * polymerase's model Form, Genre diplomové práce master's theses UDC (043)378.2 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Mgr. Degree program Navazující Degree program Chemie Degreee discipline Materiálová chemie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00219971-398619167.docx 131 33.2 MB 04.05.2018 Posudek Typ posudku 00219971-ved-196886021.pdf Posudek vedoucího 00219971-opon-614890374.docx Posudek oponenta
Práce se zabývá vytvořením modelů polymerázy cytomegaloviru. Při vytváření modelu byl pro návrh struktury použit program I-TASSER. Simulace modelů probíhaly pomocí výpočtů založených na principech molekulové mechaniky v programu Amber. Templáty, na jejichž základě byly pomocí programu I-TASSER vytvořeny modely polymerázy, odpovídaly kódům 2gv9, 3iay a 4flw v PDB databázi. Byly vytvořeny dva modely polymerázy cytomegaloviru obsahující DNA. Jeden model obsahoval DNA v exonukleázové formě. Druhý model obsahoval DNA v polymerázové formě.In this work the generating of model of polymerase of cytomegalovirus was studied. I-TASSER program was used to prediction of polymerase structure. Simulation of models were performed with program Amber using molecular mechanism principles. Structure of models is based on concrete structures of herpesvirus polymerase (2gv9), yeast (3iay) and archaebacteria (4flw). Models were prepared with DNA in two modes. First model was prepared with DNA in the polymerizing mode. Second model was prepared with DNA in editing mode.
Number of the records: 1