Tato bakalářská práce je věnována srovnání vybraných metod proteolytického štěpení se zaměřením na vzorky tylakoidní membrány vyizolované z modelové rostliny huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana). Pro experimentální část byla vybrána metoda přípravy vzorku za pomoci membránového filtru (FASP). Na základě studia dostupných publikací bylo vybráno několik variant, s jejichž pomocí byly proteiny z tylakoidní membrány zpracovány, analyzovány pomocí LC-MS/MS a získané výsledky byly poté vzájemně porovnány. Pro srovnání účinnosti zmiňované metody oproti donedávna běžně užívaným metodám proteolytického štěpení bylo taktéž provedeno štěpení dané proteinové směsi v roztoku.This bachelor thesis is deals with the comparison of selected protein digestion methods, focusing on thylakoid membrane samples isolated from the model plant Arabidopsis thaliana. Namely, the filter-aided sample preparation (FASP) method was chosen for the experimental part. Based on the current literature, several variants of the method were selected and used for the digestion of thylakoid proteins, which were further analysed by LC-MS/MS. As a "golden standard", in-solution digestion utilizing urea was also performed. The obtained results were then compared and discussed.