Number of the records: 1
Analýza chování silových polí při simulacích DNA a RNA
Title statement Analýza chování silových polí při simulacích DNA a RNA [rukopis] / Ivana Velikovská Additional Variant Titles Analýza chování silových polí při simulacích DNA a RNA Personal name Velikovská, Ivana (dissertant) Translated title Analysis of the Force Field Bahaviour in DNA and RNA Simulations Issue data 2010 Phys.des. 84 s., 3. obr. příloh. : il., grafy, tab. Note Ved. práce Petr Jurečka Another responsib. Jurečka, Petr (thesis advisor) Berka, Karel, 1982- (opponent) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor) Keywords DNA * RNA * AMBER * MD simulace * helikální parametry * permitivita * glykosidický úhel * van der Waalsovy parametry * empirický potenciál * DNA * RNA * AMBER * MD simulation * helical parameters * permittivity * glycosidic angle * van der Waals parameters * force field Form, Genre diplomové práce master's theses UDC (043)378.2 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Mgr. Degree program Navazující Degree program Chemie Degreee discipline Fyzikální chemie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 74040-111222688.pdf 76 2 MB 26.05.2010 Posudek Typ posudku 74040-ved-306668419.doc Posudek vedoucího 74040-opon-236764378.doc Posudek oponenta
Cílem této práce bylo zjistit, které parametry silového pole ovlivňují vybrané strukturní parametry DNA a RNA a jak se makromolekula jako celek chová v závislosti na změně parametrů, jako například permitivita, torzní úhel ? (amplituda a fázový posun) a van der Waalsovy parametry. V rámci diplomové práce jsem také zkoumala korelace parametrů silového pole se strukturními parametry molekul nukleových kyselin pomocí vytvořených korelačních tabulek a dále jsem tyto závislosti charakterizovala jejich směrnicemi. Navíc jsem porovnala vliv použitého modelu rozpouštědla (implicitní a explicitní) na základní strukturní charakteristiky makromolekul DNA a RNA.The aim of this study was to determine which parameters of force field influence the structural parameters DNA and RNA and determine how macromolecule reacts to the change of parameters as permittivity, angle ? (its amplitude and phase shift) or van der Waals parameters. Using prepared correlation tables I have also examined the correlation of force field parameters with the structural parameters of nucleic acids and characterized them by their slopes. Moreover, I assessed the effect of solvent (implicit and explicit) on the structural characteristics of DNA and RNA molecules.
Number of the records: 1