Number of the records: 1
Vliv empirického potenciálu na konformační chování molekul
Title statement Vliv empirického potenciálu na konformační chování molekul [rukopis] / Dominika Hanakovičová Additional Variant Titles Vliv empirického potenciálu na konformační chování molekul Personal name Hanakovičová, Dominika, (dissertant) Translated title The effect of empirical potential on the conformational properties of molecules Issue data 2019 Phys.des. 53 s. (77 500 znakov) + 1 CD Note Oponent Vojtěch Mlýnský Ved. práce Marie Zgarbová Another responsib. Mlýnský, Vojtěch, (opponent) Zgarbová, Marie (thesis advisor) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor) Keywords molekulová dynamika * nukleové kyseliny * hybridy * silové pole * molecular dynamics simulation * nucleic acids * hybrids * force field Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses UDC (043)378.22 Country Česko Language slovenština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Bc. Degree program Bakalářský Degree program Chemie Degreee discipline Nanomateriálová chemie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00225047-188529662.docx 32 26.4 MB 24.04.2019 Posudek Typ posudku 00225047-ved-934719519.pdf Posudek vedoucího 00225047-opon-329125699.docx Posudek oponenta
Cieľom tejto bakalárskej práce je posúdiť stabilitu a konformačné správanie hybridov nukleových kyselín v molekulárne dynamických simuláciách. Simulácie sú spracované v rôznych silových poliach, z nich niektoré vznikli iba v posledných rokoch a pre vybrané štruktúry zatiaľ neboli testované. Predmetom práce je predovšetkým štúdium vplyvu empirického potenciálu na štruktúrne vlastnosti hybridov a ich porovnanie s čistou formou nukleových kyselín a dostupnými experimentálnymi dátami. Analýza cukor-fosfátovej kostry a vybraných štruktúrnych parametrov je uskutočnená s cieľom zistiť, či je štruktúra hybridov bližšie k forme A-RNA nebo B-DNA.The aim of this bachelor thesis is to assess stability and conformational properties of hybrids of nucleic acids in molecular dynamics simulations. Simulations are carried out with various force fields, some of which have been modified in recent years and selected structures have not yet been tested with them. We are interested mainly in the effect of empirical potential on structural properties of hybrids and comparison of hybrids with pure forms of nucleic acids and with available experimental data. Sugar-phosphate backbone and selected structural parameters are examined with the aim to find out if hybrids are structurally closer to the A-RNA or B-DNA form.
Number of the records: 1