DNA barcoding je molekulární metoda využívající krátkého úseku DNA, tzv. barcode markeru, k identifikaci a determinaci organismů. Pro efektivní použití této metody v biomonitoringu je podmiňující dobře vybudovaná databáze zahrnující morfologická, molekulární a ekologická data o jednotlivých druzích. V této práci byla zpracována rešerše k tématu a jako příprava na diplomovou práci byly vyzkoušeny a optimalizovány metody a získány první klonové kultury. Byly získávány vzorky nárostových rozsivek ze zatím málo prozkoumaného typu lokality, a to ze zatopených lomů. Na základě morfologické determinace bylo na lokalitách zaznamenáno 102 taxonů rozsivek. Ze vzorků byly izolovány klonové kultury, které se stanou předmětem detailního studia v navazující diplomové práci, tj. izolace DNA, získání DNA barcode markerů, mikrofotografií, morfometrických a ekologických dat.DNA barcoding is a molecular method using a short fragment of DNA for identification of species. The fragment of DNA is called barcode marker. A database containing morphological, molecular and ecological data is necessary for effective use of this method. This thesis summarises the topic of DNA barcoding in diatom taxa. As a preparation for future research, the methods were optimised and first clonal cultures were isolated. The samples of epilithic diatoms were collected from flooded quarries, which represent overlooked biotopes with unexplored diversity. In total, 102 diatom taxa were identified using morphological approach. Clonal cultures isolated from the samples will be studied in future research, which will focus on development of DNA barcode database, namely obtaining DNA barcodes, photographic documentation of frustules and morphometric and ecologic data summarization.