Number of the records: 1
Charakteristika zástupců r. Allexivirus, Flexiviridae
Title statement Charakteristika zástupců r. Allexivirus, Flexiviridae [rukopis] / Radka Gromnicová Additional Variant Titles Charakteristika zástupců r. Allexivirus, Flexiviridae Personal name Gromnicová, Radka (dissertant) Translated title Characterization of the members of the genus Allexivirus, Flexiviridae Issue data 2010 Phys.des. 39 s. (50 727 znaků) : il., schémata, tab. + 1 CD-ROM Note Ved. práce Dana Šafářová Another responsib. Šafářová, Dana (thesis advisor) Navrátil, Milan (opponent) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra buněčné biologie a genetiky (degree grantor) Keywords Allexivirus * RT-PCR * DNA sekvencování * detekce a identifikace allexivirů * česnek * plášťový protein * Allexivirus * RT-PCR * DNA sequencing * detection and identification of allexiviruses * garlic * coat protein Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses UDC (043)378.22 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Bc. Degree program Bakalářský Degree program Biologie Degreee discipline Molekulární a buněčná biologie book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 93226-276091791.pdf 30 711.6 KB 06.05.2010 Posudek Typ posudku 93226-ved-725603605.pdf Posudek vedoucího 93226-opon-720326541.pdf Posudek oponenta Call number Barcode Location Sublocation Info BP-KBB/089 (PřF-KBO) 3134509753 PřF-Holice PřF, Knihovna Holice - sklad In-Library Use Only
Rod Allexivirus z čeledi Flexiviridae byl ustanoven v roce 1998 a je celosvětově rozšířený. Allexiviry napadají zástupce rodu Allium. V těchto rostlinách se často vyskytují ve směsných infekcích, které mají vliv na zemědělské výnosy. Naproti tomu samotné allexiviry působí na rostlině buď jen nepatrné symptomy anebo vůbec žádné, a proto je i vliv na produkci nulový nebo nepatrný. Allexiviry jsou (+)ssRNA viry s délkou virionu 600 - 800 nm. Jejich genom je organizován do 6 čtecích rámců. Podle genetické variability nukleotidových a aminokyselinových sekvencí byli zástupci rodu Allexivirus rozděleni do 8 druhů a 3 druhy jsou zde prozatímně přiřazené. Pro detekci a identifikaci allexivirů lze použít především molekulární metody založené na RT-PCR nebo i v některých případech sérologické metody (ELISA). Pomocí RT-PCR za pomoci 'Random' primerů (úspěšně vyzkoušen i M4T primer) pro tvorbu cDNA a kombinace PCR primerů Allex-CP(+)/NABP(-) byla prokázána přítomnost allexivirů v 76,67 % analyzovaných vzorcích. Mezi detekovanými allexiviry byli pomocí sekvenční analýzy identifikováni zástupci Garlic virus B, Garlic virus C a Garlic virus D. V polovině sekvencovaných vzorcích byly zjištěny směsné infekce jednotlivými allexiviry.The genus Allexivirus (family Flexiviridae) has been submitted in 1998 and is widespread throughout the world. The natural host for allexiviruses is the plant genus Allium. These plants are usually infected by mixture of viruses which substantially influences agricultural yields. In contrast, allexiviruses within plants alone do not affect the production because they cause either no symptoms or mild ones. The genus Allexivirus has single-stranded RNA and is long 600 - 800 nm, the genome is organized into 6 ORFs. The members of the genus Allexivirus have been divided into 6 species and 3 tentative species according to nucleotide and amino acid sequences. The main detection method is PCR (a molecular method) but ELISA (a serological method) can be also limitedly used. The presence of allexiviruses in a sample of 30 isolates has been detected by RT-PCR with positive result of 76,67 %. There were used Random primers (for RT) and Allex-CP(+)/NABP(-) (for PCR). Half of the sequenced samples have been identified as Garlic virus B, Garlic virus C and Garlic virus D, whereas the rest contained mixture of allexiviruses.
Number of the records: 1