Metabolomika je moderní vědní disciplína zabývající se identifikací a kvantifikací metabolitů. Metabolomické analýze musí předcházet vhodné sklizení buněčné populace a okamžité zastavení metabolické aktivity. V rámci praktické části této diplomové práce byly analyzovány nukleotidy dvěma metodami ? kapilární elektroforézou (CE) a ultraúčinnou kapalinovou chromatografií ve spojení s tandemovou hmotnostní spektrometrií (UHPLC/MS/MS). Pomocí CE byl testován vliv sklizení buněk (lidské kožní fibroblasty) trypsinizací a methanolovým quenchingem na obsah intracelulárních nukleotidů. Bylo zjištěno, že rozptyl hodnot u quenchovaných vzorků je mnohem menší než v případě trypsinizace. Dále byla vyvíjena metoda pro analýzu nukleotidů pomocí UHPLC/MS/MS. Optimalizovaná metoda byla poté aplikována na reálné vzorky ? extrakty fibroblastů a erytrocytů.Metabolomics is a modern science interested in identification and quantification of metabolites. Metabolome analysis is preceded by cell population harvesting and immediate quenching of metabolic activity. The practical part of this diploma thesis deals with two methods of nucleotide analysis ? capillary electrophoresis (CE) and ultra high performance liquid chromatography/tandem mass spectrometry (UHPLC/MS/MS). The influence of cell (human skin fibroblasts) harvesting by trypsinisation and methanol quenching on the content of intracellular nucleotides was tested by means of CE. Quenching was found to result in a smaller variability of values than trypsinisation. Moreover, this thesis discusses an UHPLC/MS/MS method optimisation for nucleotide analysis. The optimised method was consequently applied to real samples ? extracts of human fibroblasts and erythrocytes.