Rod česnek (Allium L.) zahrnuje řadu zemědělských plodin, léčivek i okrasných rostlin, a hraje proto významnou společenskou i ekonomickou roli. Ačkoliv z tohoto hlediska byl podroben mnoha výzkumům, v poznání taxonomické diverzity a fylogeneze tohoto rodu jsou stále značné mezery. Tato práce se zaměřuje na Allium sect. Codonoprasum, jež zahrnuje okolo 160 v současnosti akceptovaných druhů, což odpovídá 10-15 % celkové druhové diverzity rodu. Vztahy mezi taxony v rámci této sekce jsou z velké části neobjasněné a jejich taxonomická klasifikace je navíc komplikována nomenklatorickými zmatky. Cílem této práce proto bylo prozkoumat variabilitu vybraných taxonomicky komplikovaných skupin této sekce a získat vhled do fylogenetických vztahů jejích zástupců. Druhy okruhu A. paniculatum ve střední, východní a jihovýchodní Evropě byly zkoumány pomocí kombinovaného taxonomického přístupu (Kapitola 2), jenž zahrnoval mnohorozměrné statistiky, analýzu velikosti genomu a AFLP. Pomocí těchto metod se podařilo populace klasifikovat do tří skupin, které mohou být považovány za samostatné druhy s geograficky odlišným areálem. Ty je možné rozlišovat jako A. fuscum, A. marginatum a A. paniculatum, zatímco jméno A. podolicum je nutné považovat za mladší synonymum k A. paniculatum. Obdobný přístup byl využit ke studiu několika populací nejasné taxonomické identity pocházejících z Balkánského poloostrova. Na základě morfologických, karyologických, molekulárních (nrITS) a ekologických odlišností byl z Chorvatska popsán pro vědu nový druh A. pseudotelmatum (Kapitola 3). Další část této práce (Kapitola 4) se pak zaměřila na nedávno popsaný druh a předpokládaný řecký endemit, A. goumenissanum. Jeho taxonomický status a vztahy k podobným taxonům byly prověřeny celou škálou metod, jež zahrnovaly analýzu AFLP a nrITS sekvencí, morfometriku tradičních znaků i epidermálních mikrostruktur, anatomii listových průřezů, velikost genomu a počty chromosomů. Tato studie potvrdila oprávněnost druhového statusu pro A. goumenissanum, které však bylo nově nalezeno v Bulharsku a pozbylo tak statutu řeckého endemita. Poslední část této práce (Kapitola 5) se s využitím cpDNA a nrITS markerů pokouší odkrýt fylogenetické vztahy uvnitř sekce Codonoprasum, a to na rozsáhlém datasetu čítajícím 41 taxonů z této sekce posbíraných v různých částech Evropy i západní Asie. Zatímco analýzy s využitím jediného genu často vykazovaly rozsáhlou polytomii, kladogramy založené na ITS nebo sloučených datech umožnily rozdělit dataset do pěti clusterů, jež se navíc vyznačovaly některými morfologickými a karyologickými vlastnostmi. Tato práce tedy přináší první ucelený vhled do fylogeneze a příbuzenských vztahů taxonů sekce Codonoprasum.Comprising several crops, medicinal herbs and ornamental plants, the genus Allium plays an important role in human culture and economy. Although it has been largely scrutinized from these perspectives, there are still serious gaps in our knowledge of its taxonomic diversity and phylogeny. This thesis focuses on the Allium sect. Codonoprasum, which encompasses about 160 currently accepted species and accounts for 10-15 % of the overall species diversity of the genus. Relationships among taxa within this section are largely unknown, and its taxonomic classification is further complicated by nomenclatural chaos. Therefore, the aims of this thesis were to evaluate the variability of some puzzling taxonomic groups of the sect. Codonoprasum, and to provide new insights into the phylogenetic relationships among its members. An integrative taxonomic approach was employed to investigate the A. paniculatum species group in central, eastern and southeastern Europe (Chapter 2). A combination of multivariate morphometrics, genome size estimation, and AFLP fingerprinting separated its populations into three groups, which can be considered as separate species with geographically distinct distribution ranges. These species were recognized as A. fuscum, A. marginatum, and A. paniculatum, while the name of A. podolicum was synonymized with A. paniculatum as it is no longer recognized as a separate species. A similar approach was employed to scrutinize several populations of unknown taxonomic identity from the Balkan Peninsula. Based on morphological, karyological, molecular (nrITS) and ecological distinctions, a new-to-science species from Croatia was described as A. pseudotelmatum (Chapter 3). Another part of the thesis (Chapter 4) focused on a recently described species and presumed Greek endemic, A. goumenissanum. Its taxonomic status and relationships to similar taxa were evaluated by a variety of means, including AFLP and nrITS markers, morphometrics of both traditional traits and epidermal microstructures, leaf anatomy, genome size and chromosome number. The species level seems to be justifiable for A. goumenissanum, which, however, was newly found in Bulgaria and thus lost its endemic status. In the final part of the thesis (Chapter 5), cpDNA and nrITS markers are applied to reveal the molecular phylogenetics of sect. Codonoprasum using an extensive dataset, accounting for as many as 48 taxa of the section collected throughout Europe and western Asia. While single genes analysis often resulted in polytomy, five clusters could be clearly identified on the concatenated tree, which were even supported by some shared morphological or karyological traits. This study provides the first comprehensive insight into the phylogeny and relationships among taxa of sect. Codonoprasum. This thesis has greatly expanded our knowledge of the species diversity and variability of the Allium sect. Codonoprasum. Its overall taxonomic diversity still remains partialy uncovered, but on the other hand, regional species richness and endemism may be overestimated due to lack of reliable data. This study has shown that that integrative approach is essential for taxonomic investigations of this plant group.