Number of the records: 1  

Dynamická strukturní rovnováha v UUCG tetraloopu

  1. Title statementDynamická strukturní rovnováha v UUCG tetraloopu [rukopis] / Jan Salomon
    Additional Variant TitlesStudium dynamických rovnováh v nekanonických motivech RNA
    Personal name Salomon, Jan, (dissertant)
    Translated titleStudy of dynamic equilibria in non-canonical RNA motifs
    Issue data2024
    Phys.des.64 s. (84 217 znaků)
    NoteVed. práce Petr Jurečka
    Oponent Marie Zgarbová
    Another responsib. Jurečka, Petr (thesis advisor)
    Zgarbová, Marie (opponent)
    Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra fyzikální chemie (degree grantor)
    Keywords UUCG tetraloop * modifikace silových polí * reinterpretace eNOE * QM výpočty * RNA simluace * molekulová dynamika * UUCG tetraloop * force field modification * eNOE reinterpretation * QM calculations * RNA simulation * molecular dynamics
    Form, Genre diplomové práce master's theses
    UDC (043)378.2
    CountryČesko
    Languageangličtina
    Document kindPUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitleMgr.
    Degree programNavazující
    Degree programFyzikální chemie
    Degreee disciplineFyzikální chemie
    book

    book

    Kvalifikační práceDownloadedSizedatum zpřístupnění
    00287796-202267981.pdf04.3 MB29.04.2024
    PosudekTyp posudku
    00287796-ved-322919612.pdfPosudek vedoucího
    00287796-opon-602995568.pdfPosudek oponenta

    Strukturní dynamika UUCG tetraloopu je kritickou složkou při sbalování RNA. Tato práce poukazuje na jeden z problémů při experimentálním určování této struktury, step páteře GL4-GS+1. Srovnávací analýza dostupných experimentálních struktur a struktur ze simulací v široce používaném silovém poli ff99bsc0chiOL3 identifikovala artefakty v popisu UUCG v tomto silovém poli. Kvantově chemické výpočty posloužily jako měřítko pro posuzování modifikací silových polí, jejichž cílem bylo zlepšit popis strukturní rovnováhy. Byly prověřeny experimentální kombinace silových polí s cílem destabilizovat artefakty pozorované v silovém poli ff99bsc0chiOL3. Zavedená modifikace OL21-RNA je i přes některé nedostatky nejslibnější pro zlepšení popisu rovnováhy páteřních stavů ve stepu GL4-GS+1. Výsledky, podpořené eNOE převáženými MD simulacemi a QM výpočty, naznačují, že nativní / flip je hlavní konformací v UUCG tetraloopu, což je v rozporu se současným konsensem.The structural dynamics of the UUCG tetraloop is a critical component in RNA folding. This research highlights one of the challenges in experimentally determining this structure, the GL4-GS+1 backbone step. Comparative analysis of available experimental structures and structures from simulations in the widely used ff99bsc0chiOL3 force field identified artifacts in the description of UUCG in this force field. Quantum chemical calculations serve as benchmarks for assessing force field modifications aiming to improve the description of the structural equilibrium. Experimental force field combinations were introduced to destabilize the artifacts observed in the ff99bsc0chiOL3 force field. The OL21-RNA modification was found to be the most promising in the description of the backbone equilibrium in the GL4-GS+1 step, despite some shortcomings. The results, supported by eNOE reweighted MD simulations and QM calculations, suggest that the native / flip is the major conformation in the UUCG tetraloop, which stands in contrast to the current consensus.

Number of the records: 1  

  This site uses cookies to make them easier to browse. Learn more about how we use cookies.