Tato bakalářská práce se zabývá soustavou Natura 2000 jako nástrojem ochrany přírody v České republice Cílem práce je zhodnocení významu soustavy Natura 2000 pro ochranu přírody v ČR a přehled jejích silných a slabých stránek. Zhodnocení probíhalo pomoci SWOT analýzy a výsledek ukázal, že soustava má více silných stránek než slabých, avšak hrozby převazují nad každým aspektem SWOT analýzy. Dále k hodnocení významu byly použité komentované příklady konkrétních lokalit zařazených do této soustavy. Součásti práce je také diskuse o potenciálním přínosu evropských směrnic pro ochranu přírody v zemí, která není členským státem Evropské unii. Výsledky práce ukazují, že soustava Natura 2000 má kladný přínos pro ochranu přírody v ČR a může mít teoretický potenciál i pro země, které nejsou součásti EU.This bachelor thesis deals with Natura 2000 systém as a tool for nature protection in the Czech Republic. The aim of the thesis is to evaluate the importance of Natura 2000 for nature conservation in the Czech Republicand to review its strengths and weaknesses. The evaluation was carried out with the help of SWOT analysis and the result showed that the systém has more strengths than weaknesses, but threats outweight every aspect of the analysis. Furthermore, annotated examples of specific sites included in the Framework were used to evaluate the relevance of the systém. The paper also includes a discussion on the potential benefits Of the European Directives for nature conservation in non-EU countries. As a result, it was proven that Natura 2000 systém is indeed a promising tool for nature conservation in the CZ and may have theoretical potential for non-EU countries as well.