Number of the records: 1
Mapování struktur současných chemických látek
Title statement Mapování struktur současných chemických látek [rukopis] / Jan Macháň Additional Variant Titles Mapování struktur současných chemických látek Personal name Macháň, Jan, (dissertant) Translated title Mapping of current chemical scaffolds Issue data 2021 Phys.des. 62 : il., tab. Note Oponent Tomáš Kühr Ved. práce Karel Berka Another responsib. Kühr, Tomáš (opponent) Berka, Karel, 1982- (thesis advisor) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra biochemie (degree grantor) Keywords bioinformatika * molekulová struktura * scaffold * geografie chemie * Python workflow * mapování * bioinformatics * molecular structure * scaffold * geography of chemistry * Python workflow * mapping Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses UDC (043)378.22 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Bc. Degree program Bakalářský Degree program Biochemie Degreee discipline Bioinformatika book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00276759-724331862.pdf 21 2.8 MB 20.05.2021 Posudek Typ posudku 00276759-ved-280744434.pdf Posudek vedoucího 00276759-opon-735351612.pdf Posudek oponenta
Pojem scaffold se stává prominentním nástrojem v analýze velkých chemických dat, zejména pak v oblasti medicinální chemie. V této práci je popsán princip scaffoldu, jeho možné definice a využití v současných vědeckých článcích. Následně je provedena analýza využívající definici takzvaného Bemis-Murcko scaffoldu. V analýze jsou posléze chemická data získaná z databáze ChEMBL přiřazena státům světa s pomocí informací získaných prostřednictvím rozhraní PubMed. Zpracování dat a samotné mapování probíhá prostřednictvím několika workflow naprogramovaných v jazyce Python. Kód těchto workflow je detailně popsán a vysvětlen v této práci.The concept of scaffolds is a very prominent tool in analysing big chemical datasets, notably popular in medicinal chemistry. The concept itself as well as some of its possible definitions and most recent papers using it is described in this thesis. This analysis uses Bemis-Murcko scaffold definition. Mapping of dataset originating from the ChEMBL database with help of PubMed is performed. Data is processed and analysed using workflows written in Python which are described in this thesis.
Number of the records: 1