Tato diplomová práce se zabývá analýzou sinicového neurotoxinu anatoxinu-A. K analýze byla použita kapalinová chromatografie v módu HILIC s UV/VIS a hmotnostně spektrometrickou detekcí. Vzorky sinic byly odebrány z jezírka v oblasti přírodní památky Strejčkův lom na Olomoucku. Byly připraveny také vzorky sinic obohacené o standard anatoxinu A, aby bylo možné porovnat, k jakým ztrátám toxinu dochází během přípravy vzorku. Vzorky sinic byly upravovány dvěma postupy - první zahrnoval pouze extrakci směsí methanolu a vody, druhý navíc i druhé extrakční činidlo (acetonitril) a následné vysolení síranem amonným. Byly testovány také dva gradienty mobilní fáze a postup pro lepší prekoncentraci anatoxinu-A. Jako nejlepší byl nakonec vyhodnocen postup č.2 zahrnující dvě extrakční činidla, a to jak pro analýzu samotného anatoxinu-A, tak pro analýzu sinic. Následně byla vyhodnocena návratnost, která se pohybovala mezi 30-55 %. Obsah anatoxinu-A v sinicích byl těsně pod limitem kvantifikace, který je 0,001 mg/l.This diploma thesis is focused on the analysis of cyanobacterial neurotoxin anatoxin-A, by liquid chromatography in HILIC mode, with UV/VIS and mass spectrometry detection. Cyanobacterial samples were collected from pool in natural monument Strejčkův lom near Olomouc. Samples spiked with anatoxin-A standard were also prepared, so we can compare how much of toxin was lost during preparation procedures. Samples were prepared in two ways - first with only one extraction mixture (methanol + water) and the second one that added acetonitrile as second extraction agent. Two mobile phase gradients were also tested, and we added procedure for better preconcentration. The best way for anatoxin-A and cyanobacterial analysis was procedure 2 with two extraction agents used. The recovery of anatoxin-A from used procedures was 30-55 %. The amount of anatoxin-A in cyanobacteria was below 0,001 mg/l, which was limit of quantification.