Number of the records: 1  

Struktura a vizualizace proteinových tunelů

  1. Title statementStruktura a vizualizace proteinových tunelů [rukopis] / Anna Špačková
    Additional Variant TitlesStruktura a vizualizace proteinových tunelů
    Personal name Špačková, Anna, (dissertant)
    Translated titleStructure and visualization of protein tunnels
    Issue data2022
    Phys.des.81 : grafy, tab.
    NoteVed. práce Karel Berka
    Oponent Radka Svobodová
    Another responsib. Berka, Karel, 1982- (thesis advisor)
    Svobodová, Radka, (opponent)
    Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra biochemie (degree grantor)
    Keywords Tunely * póry * kanály * protein * aminokyselina * enzym * substrát * transport * fyzikálně-chemické vlastnosti * úzké hrdlo * molekula * ionty * ligandy * Tunnels * pores * channels * protein * aminoacid * enzyme * substrate * transport * physico-chemical properties * bottleneck * molecule * ions * ligands
    Form, Genre diplomové práce master's theses
    UDC (043)378.2
    CountryČesko
    Languagečeština
    Document kindPUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitleMgr.
    Degree programNavazující
    Degree programBiochemie
    Degreee disciplineBioinformatika
    book

    book

    Kvalifikační práceDownloadedSizedatum zpřístupnění
    00271415-155602116.pdf242.5 MB19.05.2022
    PosudekTyp posudku
    00271415-ved-829821042.pdfPosudek vedoucího
    00271415-opon-301283072.pdfPosudek oponenta
    Průběh obhajobydatum zadánídatum odevzdánídatum obhajobypřidělená hodnocenítyp hodnocení
    00271415-prubeh-541373219.pdf19.10.202019.05.202216.06.2022Hodnocení známkou
    Ostatní přílohySizePopis
    00271415-other-856259887.zip35.5 MB

    Práce analyzuje struktury tunelů v proteinech v databázi ChannelsDB a z výsledků MOLEonline spolu s jejich vlastnostmi a predikcí možných procházejících molekul. Dalším cílem bylo napsat program, který vizualizuje tunely ve 2D reprezentaci spolu s aminokyselinovým zastoupením na povrchu tunelu v proteinech. Dosažení výsledků bylo uskutečněno především pomocí vlastních kódů napsaných v programovacím jazyce Python, výsledků výpočtu z MOLEonline a dat uložených v ChannelsDB. Výsledky umožňují jednodušší integraci dat o tunelech v proteinech do databáze ChannelsDB.This work analyzes the structures of tunnels in proteins in the ChannelsDB database and results from MOLEonline, along with their properties and predictions of possible passing molecules. Another goal was to write a program that visualizes tunnels in a 2D representation along with the amino acid representation on the tunnel surface in proteins. Achieving the results was primarily accomplished using custom codes written in the Python programming language, computational results from MOLEonline, and data stored in ChannelsDB. The results allow for easier integration of the protein tunnel data into the ChannelsDB database

Number of the records: 1  

  This site uses cookies to make them easier to browse. Learn more about how we use cookies.