Number of the records: 1
Struktura a vizualizace proteinových tunelů
Title statement Struktura a vizualizace proteinových tunelů [rukopis] / Anna Špačková Additional Variant Titles Struktura a vizualizace proteinových tunelů Personal name Špačková, Anna, (dissertant) Translated title Structure and visualization of protein tunnels Issue data 2022 Phys.des. 81 : grafy, tab. Note Ved. práce Karel Berka Oponent Radka Svobodová Another responsib. Berka, Karel, 1982- (thesis advisor) Svobodová, Radka, (opponent) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra biochemie (degree grantor) Keywords Tunely * póry * kanály * protein * aminokyselina * enzym * substrát * transport * fyzikálně-chemické vlastnosti * úzké hrdlo * molekula * ionty * ligandy * Tunnels * pores * channels * protein * aminoacid * enzyme * substrate * transport * physico-chemical properties * bottleneck * molecule * ions * ligands Form, Genre diplomové práce master's theses UDC (043)378.2 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Mgr. Degree program Navazující Degree program Biochemie Degreee discipline Bioinformatika book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00271415-155602116.pdf 24 2.5 MB 19.05.2022 Posudek Typ posudku 00271415-ved-829821042.pdf Posudek vedoucího 00271415-opon-301283072.pdf Posudek oponenta Průběh obhajoby datum zadání datum odevzdání datum obhajoby přidělená hodnocení typ hodnocení 00271415-prubeh-541373219.pdf 19.10.2020 19.05.2022 16.06.2022 Hodnocení známkou Ostatní přílohy Size Popis 00271415-other-856259887.zip 35.5 MB
Práce analyzuje struktury tunelů v proteinech v databázi ChannelsDB a z výsledků MOLEonline spolu s jejich vlastnostmi a predikcí možných procházejících molekul. Dalším cílem bylo napsat program, který vizualizuje tunely ve 2D reprezentaci spolu s aminokyselinovým zastoupením na povrchu tunelu v proteinech. Dosažení výsledků bylo uskutečněno především pomocí vlastních kódů napsaných v programovacím jazyce Python, výsledků výpočtu z MOLEonline a dat uložených v ChannelsDB. Výsledky umožňují jednodušší integraci dat o tunelech v proteinech do databáze ChannelsDB.This work analyzes the structures of tunnels in proteins in the ChannelsDB database and results from MOLEonline, along with their properties and predictions of possible passing molecules. Another goal was to write a program that visualizes tunnels in a 2D representation along with the amino acid representation on the tunnel surface in proteins. Achieving the results was primarily accomplished using custom codes written in the Python programming language, computational results from MOLEonline, and data stored in ChannelsDB. The results allow for easier integration of the protein tunnel data into the ChannelsDB database
Number of the records: 1