Number of the records: 1  

Occurrence and evolution of B chromosomes in genus Sorghum

  1. Title statementOccurrence and evolution of B chromosomes in genus Sorghum [rukopis] / Martina Bednářová
    Additional Variant TitlesVýskyt a evoluce B chromozomů u rodu Sorghum
    Personal name Bednářová, Martina (dissertant)
    Translated titleOccurrence and evolution of B chromosomes in the genus Sorghum
    Issue data2022
    Phys.des.98/I
    NoteVed. práce Jan Bartoš
    Ved. práce Jan Bartoš
    Another responsib. Bartoš, Jan (thesis advisor)
    Bartoš, Jan (thesis advisor)
    Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra botaniky (degree grantor)
    Keywords B chromozomy * Sorghum * fylogenetická analýza * sekvenování * evoluce * B chromosome * Sorghum * phylogenetic analysis * sequencing * evolution
    Form, Genre disertace dissertations
    UDC (043.3)
    CountryČesko
    Languageangličtina
    Document kindPUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitlePh.D.
    Degree programDoktorský
    Degree programBiologie
    Degreee disciplineBotanika
    book

    book

    Kvalifikační práceDownloadedSizedatum zpřístupnění
    00186209-942199146.pdf136.2 MB11.04.2022
    PosudekTyp posudku
    00186209-ved-519746617.pdfPosudek vedoucího
    00186209-opon-578805098.zipPosudek oponenta
    Průběh obhajobydatum zadánídatum odevzdánídatum obhajobypřidělená hodnocenítyp hodnocení
    00186209-prubeh-882437254.pdf31.08.201211.04.202223.06.2022Hodnocení známkou

    Tato práce je zaměřena na B chromozomy v rodu Sorghum (čirok). Přestože přítomnost B chromozomů byla popsána u pěti druhů čiroku již v minulém století, od doby jejich objevu nedošlo k významnému posunu v jejich výzkumu. Dostupná literatura na toto téma je omezena pouze na několik cytogenetických studií a molekulární studie dosud publikovány nebyly. Cílem této práce bylo rozšířit naše poznatky o B chromozomech v rodu Sorghum především na molekulární úrovni. Prvním cílem byl vývoj markerů specifických pro B chromozom S. purpureosericeum. Za tímto účelem byla pomocí průtokové cytometrie izolována haploidní pylová jádra B-pozitivních a B-negativních rostlin S. purpureosericeum. Z jejich DNA byly připraveny sekvenační knihovny, které byly osekvenovány na platformě Illumina. Na základě získaných dat byla provedena analýza repetic pomocí nástroje RepeatExplorer. Tato analýza odhalila devět sekvenčních klastrů potenciálně specifických pro B chromozom, které byly dále použity pro navržení primerů, jejichž specifita byla ověřena pomocí PCR. Druhým cílem práce bylo objasnění fylogenetických vztahů mezi jednotlivými druhy čiroku, a to především s ohledem na výskyt B chromozomů. Do fylogenetické analýzy bylo zahrnuto celkem 21 druhů čiroku, které byly zastoupeny 58 vzorky. Jako fylogenetické markery byly použity vnitřní transkribované mezerníky (ITS1 a ITS2) a dva chloroplastové mezigenové mezerníky (trnL-trnF a trnH-psbA). Na základě fylogenetického stromu, který byl vytvořen pomocí metody BioNJ and PhyML, byly diskutovány možné scénáře vzniku B chromozomu v rodu Sorghum.This work is focused on B chromosomes (Bs) in the genus Sorghum. In this genus, Bs have been reported in five species. Since their first discovery in the first half of the 20th century, there has not been any significant advance in our knowledge of them. The available literature on this topic in Sorghum is limited to only a few cytogenetic studies and there are no molecular data whatsoever. The aim of this work was to expand our knowledge about Bs in Sorghum in the molecular field. The first goal was focused on the development of specific markers for B chromosome of S. purpureosericeum. For this purpose, haploid pollen nuclei from B-positive and B-negative plants were isolated using flow-cytometry. Extracted nuclear DNA was used for the preparation of sequencing libraries which were subjected to Illumina sequencing. Based on the raw data, a repeat analysis was performed using RepeatExplorer, which revealed nine putative B-specific clusters. These clusters were used to design primers whose B-specificity was verified in PCR. The second goal was to clarify phylogenetic relationships within the genus with respect to the occurrence of B chromosomes. Therefore, a phylogenetic reconstruction of 21 Sorghum species represented by 58 samples involving internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) and two chloroplast intergenic spacers (trnL-trnF and trnH-psbA) as phylogenetic markers was performed. For the reconstruction, BioNJ and PhyML method was applied. Based on the outcome of the analysis, the feasible scenarios of B chromosome origin in this genus were discussed.

Number of the records: 1  

  This site uses cookies to make them easier to browse. Learn more about how we use cookies.