Number of the records: 1
Molekulárně genetická charakteristika izolátu LChV1 infikujícího mandloň obecnou
Title statement Molekulárně genetická charakteristika izolátu LChV1 infikujícího mandloň obecnou [rukopis] / Jakub Lemberk Additional Variant Titles Molekulárně genetická charakteristika izolátu LChV1 infikujícího mandloň obecnou Personal name Lemberk, Jakub, (dissertant) Translated title Molecular characterisation of LChV1 isolate infecting almond (Prunus dulcis) Issue data 2021 Phys.des. 50 Note Oponent Milan Navrátil Ved. práce Dana Šafářová Another responsib. Navrátil, Milan (opponent) Šafářová, Dana (thesis advisor) Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra buněčné biologie a genetiky (degree grantor) Keywords little cherry virus 1 * genetická variabilita * Sangerovo sekvenování * fylogeneze * Velarivirus * little cherry virus 1 * genetic diversity * Sanger sequencing * phylogeny * Velarivirus Form, Genre bakalářské práce bachelor's theses UDC (043)378.22 Country Česko Language čeština Document kind PUBLIKAČNÍ ČINNOST Title Bc. Degree program Bakalářský Degree program Biologie Degreee discipline Molekulární a buněčná biologie 
book
Kvalifikační práce Downloaded Size datum zpřístupnění 00268986-983639486.pdf 58 1.4 MB 03.05.2021 Posudek Typ posudku 00268986-ved-118145812.pdf Posudek vedoucího 00268986-opon-360607896.pdf Posudek oponenta
Little cherry virus 1 (LChV1) z čeledi Closteroviridae je patogen dřevin rodu Prunus, u kterých je jedním z původců choroby zvané little cherry disease. Virus je rozšířený po celém světě a jednotlivé izoláty mezi sebou vykazují vysokou variabilitu. Tato bakalářská práce se zaměřila na molekulárně genetickou charakteristiku LChV1 izolátu Alm138, který byl získán z mandloně obecné (Prunus dulcis (Mill.) D.A.Webb) vykazující příznaky little cherry disease. Získaná celogenomová sekvence LChV1 izolátu byla 16 928 nt dlouhá a obsahovala 8 otevřených čtecích rámců, které byly v souladu se strukturou genomu tohoto viru. Porovnáním této sekvence s genomy dostupnými v databázi GenBank vykazoval izolát Alm138 nejvyšší identitu v nukleotidové sekvenci, 96,2 %, 92,1 % a 91,9 %, s izoláty Apr184R (Acc. No. MN242219), Kyoto-2 (MG934545) a BJ (MK775591). Příbuznost těchto izolátů potvrdila fylogenetická analýza genomové sekvence a genů pro RdRp, HSP70h a CP, která izolát Alm138 zařadila do již dříve popsané fylogenetické skupiny G5, společně s LChV1 izoláty Apr184R, Kyoto-2, BJ a LV27S2 (LC523023).Little cherry virus 1 (LChV1) from a family Closteroviridae is a pathogen of Prunus species in which he is one of a causal agents of little cherry disease. LChV1 is a widespread virus and its isolates exhibit high genetic diversity. This bachelor thesis focuses on molecular genetic characteristic of LChV1 isolate Alm138 infecting almond (Prunus dulcis (Mill.) D.A.Webb) that was showing symptoms of little cherry disease. The LChV1 Alm138 genome sequence obtained was 16 928 nt in length and it contained eight open reading frames, which were consistent with the genome structure of this virus. Comparing this sequence with genomes available in GenBank database showed highest identity at the complete genome level of 96,2 %, 92,1 % and 91,9 % with LChV1 isolates Apr184R (Acc. No. MN242219), Kyoto-2 (MG934545) and BJ (MK775591). Close relation of these isolates was confirmed by phylogenic analysis of genome sequence and genes coding RdRp, HSP70h and CP, which grouped Alm138 isolate into described phylogenic group G5 together with LChV1 isolates Apr184R, Kyoto-2, BJ and LV27S2 (LC523023).
Number of the records: 1