Tato bakalářská práce se věnuje popisu a charakterizaci složení střevní mikrobioty. V lidském střevě žije velké množství bakterií, virů, eukaryot a zástupců domény Archea. Moderním přístupem pro studium střevní mikrobioty a zároveň alternativním a doplňujícím přístupem k metagenomice je kulturomika využívající identifikaci bakteriálních kultur pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. V praktické části byla srovnávána reprezentativnost výtěru z konečníku a odběru stolice pro detekci jednotlivých druhů. Dále byly identifikovány střevní mikrobiální druhy, které mohou pocházet z mikrobioty dutiny ústní, a byl vyhodnocován charakteristický typ mikrobioty dle příslušnosti k bakteriálním kmenům Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria a eukaryontním kvasinkám. Poslední část práce je věnována korelaci kultivační detekce kvasinky Candida albicans ve stolici a výtěru konečníku s hladinou sérových protilátek.This bachelor thesis focuses on the description and characterisation of the composition of the intestinal microbiota. Large quantities of bacteries, viruses, eukaryotes, and representatives of the domain Archea live within the human intestine. A modern approach to the study of the intestinal microbiota and, simultaneously, an alternative and complementary approach to metagenomics is the culturomics, which uses the identification of bacterial cultures by means of MALDI-TOF mass spectometry. In the practical part, the representativeness of the rectal swab and the collection of stool was compared in order to detect the individual species. Furthermore, intestinal microbial species which can come from the oral microbiota were identified, and the characteristic species of microbiota was evaluated according to the bacterial phyla of Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria, and the eukaryotic yeasts. The last part of the thesis is devoted to the correlation of culture detection of the yeast Candida albicans in stool and in rectal swab with the level of serum antibodies.