Pavoukovci jsou ekologicky velmi různorodou skupinou, obývají téměř všechny biotopy a často jsou specializovaní na specifický biotop nebo dokonce mikrobiotop. Mezi specifické biotopy patří také kmeny a dutiny stromů, ptačí budky a biotopy ovlivněné hnízděním kormoránů. Ve své dizertační práci jsem se zabýval ekologií společenstev pavouků a sekáčů na těchto specifických biotopech. V první studii jsme se zabývali společenstvy pavouků a sekáčů na kmenech stromů na dvou odlišných biotopech, v lužním lese a v městské zeleni. Zabývali jsme se také jednotlivými společenstvy na kmenech různých druhů stromů a srovnáním tří jednoduchých sběrných metod - upravené padací pasti, lepového a kartonového pásu. Ve druhé studii jsme se zabývali arachnofaunou dutin starých dubů za pomocí dvou sběrných metod (padací past v dutině a nárazová past u otvoru dutiny) na stromech v lužním lese a solitérních stromech na loukách a také srovnáním společenstev v dutinách na živých a odumřelých stromech. Ve třetí studii jsme se zabývali společenstvem pavouků zimujících v ptačích budkách v nížinném lužním lese a vlivem vybraných faktorů prostředí na jejich početnosti. Zabývali jsme se také znovuosídlováním ptačích budek pavouky v průběhu zimy v závislosti na teplotě a vlivem hnízdního materiálu v budce na početnosti a druhové spektrum pavouků. Ve čtvrté studii jsme se zabývali společenstvy bezobratlých predátorů - pavouků, sekáčů a stonožek na čtyřech různě ovlivněných plochách v kormorání kolonii a vlivem změn vegetace na jejich početnosti, druhové spektrum a funkční skupiny. Tato dizertační práce představuje nové ekologické poznatky o arachnofauně dosud málo studovaných biotopů a mikrobiotopů.Arachnids are one of the most numerous terrestrial predators with huge ecological diversity, inhabit almost all habitats and many species are often specialized to specific habitat or even a microhabitat. Specific microhabitats include also tree trunks, tree cavities, nesting boxes or habitats affected by nesting cormorants. In the presented doctoral thesis I dealt with the ecology of arachnids assemblages in these habitats. In the first part, we studied assemblages of spiders and harvestmen on tree trunks in two different habitats - floodplain forest and trees in the urban habitats and compare three sampling methods - modified pitfall traps, stick and cardboard tapes. We also studied differences of assemblages on different tree species. In the second part, we studied spiders and pseudoscorpions assemblages in the tree cavities in the old oaks by used two methods (pitfall trap into the tree hollow and window trap near the hollow entrance). We also studied comparison of trees in the forest and solitaires in the meadows and between live and dead trees. In the third part, we studied assemblages of overwintering spiders in nesting boxes in the lowland floodplain forest and the influence of selected environmental factors on their abundances. We also studied how temperature influenced re-settlement of spiders in the nesting boxes during the winter and spider assemblages in the nest material in the nesting boxes. In the fourth part, we studied assemblages of selected predatory invertebrates - spiders, harvestmen and centipedes in four differently affected plots in the cormorant colony and studied the effect of vegetation changes and nest density on their abundance and species diversity. Overall, the thesis shows new ecological knowledge about assemblages of arachnids in rarely studied specific microhabitats and habitats.