Auxiny a cytokininy jsou dvě hlavní skupiny fytohormonů, které regulují a kontrolují většinu aspektů růstu, vývoje a plasticity rostlin. Jejich distribuce v rostlinných orgánech případně pletivech je již popsána. Zastoupení fytohormonů na úrovni buněčných typů či organel se stále intenzivně studuje. Mimoto odlišná lokalizace enzymů zapojených do biosyntézy a degradace fytohormonů, receptorů a transportérů naznačuje intracelulární regulaci jejich umístění v buňce. Objasnění subcelulární distribuce obou fytohormonů umožní lepší pochopení udržování vnitřní rovnováhy rostlinných buněk a časoprostorovou percepcí fytohormonů. Proto byla optimalizována hustotně-gradientová centrifugace a vyvinuta inovativní metoda pro frakcionaci organel, založená na principech průtokové cytometrie zvaná vícecestné průtokové třídění organel na základě aktivované fluorescence (FAmOS z angl. Fluorescence-activated multi-Organelle Sorting). Kombinace FAmOS s hmotnostní spektrometrií poskytuje unikátní a robustní techniku nejen pro studování profilů rostlinných hormonů na úrovni organel, ale i proteomů či metabolomů.Auxins and cytokinins are two major families of phytohormones which control and regulate most aspects of plant growth, development, and plasticity. Their distribution within plant organs or tissues is already well studied but the importance of cell-type-specific and intracellular phytohormone homeostasis is still under intense investigation. Further, distinct localization of transporters, receptors and enzymes related to auxin and cytokinin suggests control of their allocation within the plant cell. Gaining knowledge on the intracellular distribution of both phytohormones can enable deeper understanding of their homeostasis maintenance and spatial-temporal signalling in plants. Hence, density-gradient ultracentrifugation was optimised and Fluorescence-activated multi-Organelle Sorting (FAmOS), the innovative subcellular compartment separating technique based on principles of flow cytometry was developed. Combination of the subcellular fractionation with the mass spectrometry-based analysis provide a unique and powerful tool for studying organelle-specific phytohormone profiles as well as proteomes and metabolomes.