Cílem mojí práce je kriticky zhodnotit možnosti EU efektivně vytvářet příznivé právní prostředí pro ochranu investic do vědy a výzkumu, především pak komercializaci výsledků a maximalizaci výtěžku z nich a tak podporovat rozvoj přeshraničních inovačních aktivit v EU, při respektování všech mantinelů rozsahu svých kompetencí. V první části své práce se zabývám rozsahem a obsahem tzv. harmonizačních klauzulí (čl. 114 a čl. 118 Smlouvy o fungování Evropské Unie), a ve druhé části se pak zaměřuji na SMĚRNICI EVROPSKÉHO PARLAMENTU A RADY (EU) 2016/943 ze dne 8. června 2016 o ochraně nezveřejněného know-how a obchodních informací (obchodního tajemství) před jejich neoprávněným získáním, využitím a zpřístupněním a na příkladu této směrnice podrobně rozebírám, zda EU zvolila efektivní přístup k regulaci ochrany obchodního tajemství aby dosáhla cílů vytyčených v preambuli této směrnice.This paper aims to critically evaluate the abilities of the EU to create a legal environment where there are investments into research and development, the commercial exploitation of the results sufficiently protected (therefore to support the cross-border innovation activities within the EU) while also respecting the boundaries of its competence. In the first part of this paper, I am focusing on analyzing the scope of so-called harmonization provisions (Art. 114 and 118 TFEU). In the second part, I chose to focus on the Trade Secret Directive. Taking the trade secret directive for an example, I am analyzing whether the EU used an appropriate and efficient approach on how to regulate trade secret protection considering the goals set forth in the preamble of this directive.