Fluorescenční mikroskopie v kombinaci s obrazovou analýzou představuje účinný nástroj pro analýzu morfologie i funkce buněčných organel a kompartmentů. Jednou z četných metod pro vizualizaci specifických molekul až struktur je použití fluorescenčních fúzních proteinů. V této práci byly připraveny reportérové buněčné linie s fluorescenčními fúzními proteiny jako subcelulárními markery, za použití komerčně dostupných lentvirových systémů. Připravené linie byly dále použity k mikroskopii živých buněk a následně charakterizovány pomocí MTS testu. Použitím testu bylo zjištěno, že citlivost buněk na cytotoxický účinek látek se značením fúzními proteiny se nemění a transdukce tedy neovlivňuje životaschopnost buněk ani jejich proliferaci. V rešeršní části je vypracován přehled studovaných buněčných organel a kompartmentů.Fluorescence microscopy in combination with image analysis is an effective tool for analysing morphology and function of cellular organelles and compartments. One of the common methods for visualizing specific molecules to structures is the use of fluorescent fusion proteins. In this work, reporter cell lines were prepared with fluorescent fusion proteins as subcellular markers using commercially available lentiviral systems. The prepared lines were further used for live cell microscopy and then characterized using MTS test. Using the assay it was found that the sensitivity of cells to the cytotoxic effect of fusion protein-labelled substances does not alter and because of that transduction does not affect cell viability or proliferation. In the research part, an overview of studied cellular organelles and compartments is elaborated.