Number of the records: 1  

Bioinformatická analýza distribuce transpozonů na pohlavních chromozomech rostlin

  1. Title statementBioinformatická analýza distribuce transpozonů na pohlavních chromozomech rostlin [rukopis] / Kateřina Jurásková
    Additional Variant TitlesBioinformatická analýza distribuce transpozonů na pohlavních chromozomech rostlin
    Personal name Jurásková, Kateřina, (dissertant)
    Translated titleBioinformatic Analysis of Transposable Elements Distribution on Plant Sex Chromosomes
    Issue data2020
    Phys.des.59 s. : il., grafy, schémata, tab. + 1 CD
    NoteOponent Eva Hřibová
    Ved. práce Zdeněk Kubát
    Another responsib. Hřibová, Eva (opponent)
    Kubát, Zdeněk, (thesis advisor)
    Another responsib. Univerzita Palackého. Katedra biochemie (degree grantor)
    Keywords transponovatelné elementy * pohlavní chromozomy * satelity * distribuce transpozonů závislá na pohlaví * RepeatExplorer * NGS * transposable elements * sex chromosomes * satelites * sex-specific distribution of transposable elements * RepeatExplorer * NGS
    Form, Genre diplomové práce master's theses
    UDC (043)378.2
    CountryČesko
    Languagečeština
    Document kindPUBLIKAČNÍ ČINNOST
    TitleMgr.
    Degree programNavazující
    Degree programBiochemie
    Degreee disciplineBioinformatika
    book

    book

    Kvalifikační práceDownloadedSizedatum zpřístupnění
    00238137-724514034.pdf261.4 MB13.05.2020
    PosudekTyp posudku
    00238137-ved-640214798.pdfPosudek vedoucího
    00238137-opon-369538034.pdfPosudek oponenta

    Regulace transpozonů v zárodečných drahách rostlin je dosud otevřené téma. U modelového druhu Arabidopsis thaliana byly objeveny epigenetické regulační dráhy přítomné pouze v samčí zárodečné dráze (pyl). Biologická relevance a dlouhodobý vliv těchto regulačních drah na transpoziční aktivitu transpozonů je ale u hermafroditní A. thaliana nesnadno studovatelný kvůli absenci pohlavně specifického chromatinu. U druhu Rumex acetosa s pohlavními chromozomy X a Y je známo, že většina rodin transpozonů vykazuje nerovnoměrné rozložení na chromozomech. Doposud užívané metody ale nemají dostatečné rozlišení k tomu, aby mohlo být prokázáno, že se transpozony u tohoto druhu šíří přednostně v jedné nebo druhé zárodečné dráze. Zde zvolená bioinformatická analýza dat chromozomů tříděných pomocí průtokové cytometrie má potenciál vnést do této problematiky nová zjištění. V této práci jsme analyzovali složení repetitivní frakce genomu R. acetosa pomocí RepeatExploreru, pokusili se o potvrzení modelu rozdílného šíření transpozonů u samčích a samičích zárodečných buněk. Očekávali jsme také objev indicií, že i samičí zárodečná dráha obsahuje dosud neobjevené epigenetické regulační mechanismy.Regulation of transposons in plant germline is still an open topic. In the model plant Arabidopsis thaliana were found regulatory epigenetic pathways that are specific only for the male germline (pollen). The biological relevance and long term effect of these regulatory pathways on the transposition activity of transposons in hermafroditic A. thaliana is difficult to study because of the absence of sex-specific chromatin. In Rumex acetosa with sex chromosomes X and Y is known, that most of transposon families show an uneven distribution on sex chromosomes. However, the methods used so far do not have sufficient resolution to demonstrate, that transposons in this species are propagated preferentially either in male or female germline. The bioinformatics analysis of flow sorted chromosomes we used here has the potential to bring new findings into this issue. In this thesis we analyzed repetitive fraction of R.acetosa genome and we tested the model of different transposons proliferation in male and female germline. We also expected the discovery of new indications that the female germline contains as yet undiscovered epigenetic regulatory mechanisms.

Number of the records: 1  

  This site uses cookies to make them easier to browse. Learn more about how we use cookies.